ソフトウェア 名称 バージョン 分類 CNS1.1 精密化 DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング AMoRE位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB ENTRY 3ENG解像度 : 2→45.71 Å / Rfactor Rfree error : 0.011 / Data cutoff high absF : 1605776.93 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 Rfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.273 624 4.7 % RANDOM Rwork 0.215 - - - obs 0.215 13191 91.1 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 54.291 Å2 / ksol : 0.387333 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 25.2 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -5.11 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - -5.11 Å2 0 Å2 3- - - 10.23 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.32 Å 0.24 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.29 Å 0.24 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2→45.71 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1555 0 0 152 1707
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.006 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.4 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d25.7 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d0.86 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it0.9 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it1.42 2 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it1.37 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it1.96 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error : 0.033 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.338 104 5.1 % Rwork 0.286 1927 - obs - - 87 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION 2 WATER_REP.PARAM
精密化 *PLUS
最高解像度 : 2 Å / 最低解像度 : 50 Å / % reflection Rfree : 5 % / Rfactor Rfree : 0.276 / Rfactor Rwork : 0.216 溶媒の処理 *PLUS
原子変位パラメータ *PLUS
拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.41 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_deg25.7 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_deg0.86