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万見
- PDB-1o8u: The 2 Angstrom Structure of 6-Oxo Camphor Hydrolase: New Structur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o8u
タイトルThe 2 Angstrom Structure of 6-Oxo Camphor Hydrolase: New Structural Diversity in the Crotonase Superfamily
要素6-OXO CAMPHOR HYDROLASE
キーワードHYDROLASE / CROTONASE / TERPENE METABOLISM / RHODOCOCCUSE
機能・相同性
機能・相同性情報


6-oxocamphor hydrolase / hydrolase activity, acting on acid carbon-carbon bonds, in ketonic substances
類似検索 - 分子機能
Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-oxocamphor hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOCOCCUS ERYTHROPOLIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Grogan, G. / Whittingham, J.L. / Turkenburg, J.P. / Verma, C.S. / Walsh, M.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The 2 a Crystal Structure of 6-Oxo Camphor Hydrolase: New Structural Diversity in the Crotonase Superfamily
著者: Whittingham, J.L. / Turkenburg, J.P. / Verma, C.S. / Walsh, M.A. / Grogan, G.
履歴
登録2002年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-OXO CAMPHOR HYDROLASE
B: 6-OXO CAMPHOR HYDROLASE
C: 6-OXO CAMPHOR HYDROLASE
D: 6-OXO CAMPHOR HYDROLASE
E: 6-OXO CAMPHOR HYDROLASE
F: 6-OXO CAMPHOR HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,1258
ポリマ－171,0796
非ポリマー462
水18,1771009
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.950, 130.410, 81.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE SIX MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT FORM ONECOMPLETE HEXAMER.

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要素

#1: タンパク質
6-OXO CAMPHOR HYDROLASE / CAMK


分子量: 28513.238 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOCOCCUS ERYTHROPOLIS (バクテリア)
株: NCIMB 9784 / プラスミド: PET26B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q93TU6
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1009 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SWISS-PROT DATABASE REFERENCE IS FROM THE GENERIC PARENT OF THE SPECIES (STRAIN NCIMB 9784) ...THE SWISS-PROT DATABASE REFERENCE IS FROM THE GENERIC PARENT OF THE SPECIES (STRAIN NCIMB 9784) DESCRIBED IN THIS EXPERIMENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: VAPOUR DIFFUSION HANGING DROP PROTEIN SOLUTION: 10 MG/ML IN 50 MM TRIS-HCL PH 7.0, 1 MM DTT, 20 MICROMOLAR PMSF RESERVOIR: 0.1 M SODIUM ACETATE,0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 28% (V/V) PEG 4K
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1droppH7.0
31 mMdithiothreitol1drop
420000 mMPMSF1drop
50.1 Msodium acetate1reservoirpH4.5
60.2 Mammonium sulfate1reservoir
728 %(v/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97900,0.97937,0.88560
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.979371
30.88561
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 95532 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / % possible all: 97
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / 冗長度: 2.4 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.249 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. IN EACH OF THE SIX MOLECULES OF THE ASYMMETRIC UNIT, THE FIRST 2-4 RESIDUES ARE DISORDERED AND THE LAST 4 RESIDUES ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 5022 5 %RANDOM
Rwork0.147 ---
obs0.149 95532 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20 Å20.86 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11443 0 2 1009 12454
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02111723
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.631.9516002
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.082324746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.01151483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21839
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022365
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.22548
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2550.212559
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.26715
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2868
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0640.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2560.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2960.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8581.57400
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.536211907
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.46434323
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8814.54095
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.209 319
Rwork0.163 6225
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.149
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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