PDB-1o6x: NMR solution structure of the activation domain of human procarbo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1o6x

タイトル

NMR solution structure of the activation domain of human procarboxypeptidase A2

要素

PROCARBOXYPEPTIDASE A2

キーワード

HYDROLASE / ACTIVATION DOMAIN / CARBOXYPEPTIDASE / METALLOPROTE

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxypeptidase A2 / protein catabolic process in the vacuole / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / vacuole / carboxypeptidase activity / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

溶液NMR

データ登録者

Jimenez, M.A. / Villegas, V. / Santoro, J. / Serrano, L. / Vendrell, J. / Aviles, F.X. / Rico, M.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: NMR Solution Structure of the Activation Domain of Human Procarboxypeptidase A2
著者: Jimenez, M.A. / Villegas, V. / Santoro, J. / Serrano, L. / Vendrell, J. / Aviles, F.X. / Rico, M.

履歴

登録	2002年10月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年2月7日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.4	2020年1月15日	Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr
改定 1.5	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1o6x.cif.gz	501.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1o6x.ent.gz	420.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1o6x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1o6x_validation.pdf.gz	402.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1o6x_full_validation.pdf.gz	551.9 KB	表示
XML形式データ	1o6x_validation.xml.gz	38.8 KB	表示
CIF形式データ	1o6x_validation.cif.gz	57.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/1o6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/1o6x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1aye 1dtd
類似構造データ	1whd-d 2lgx-d 6j98-d 5d67-4 1y9o-d 2ljm-d 2h9z-d 5fm4-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 5561

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (9)

登録構造単位

A: PROCARBOXYPEPTIDASE A2

9.22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / -	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	PROCARBOXYPEPTIDASE A2 分子量: 9217.421 Da / 分子数: 1 / 断片: ACTIVATION DOMAIN, RESIDUES 17-94 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL-1-BLUE / 参照: UniProt: P48052, carboxypeptidase A2

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D NOESY-15N-HSQC
1	2	1	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 3D NMR SPECTRA ON A 15N-LABELED PROTEIN AND 2D SPECTRA ON NON-LABELED PROTEIN. NOESY SPECTRA IN WATER AND IN D2O WERE USED.

-
試料調製

試料状態	イオン強度: 50MM PHOSPHATE / pH: 7 / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
DYANA	GUNTERT,WUTHRICH	精密化
DYANA		構造決定

精密化

ソフトェア番号: 1
詳細: THE CHEMICAL SHIFTS FOR THIS ENTRY ARE DEPOSITED AT BIOMAGRESBANK: ENTRY NUMBER 5561

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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