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万見
- PDB-1o60: Crystal structure of KDO-8-phosphate synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o60
タイトルCrystal structure of KDO-8-phosphate synthase
要素2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
キーワードTRANSFERASE / structural genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / Se-Met SAD phasing / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Structural GenomiX
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Structural analysis of a set of proteins resulting from a bacterial genomics project
著者: Badger, J. / Sauder, J.M. / Adams, J.M. / Antonysamy, S. / Bain, K. / Bergseid, M.G. / Buchanan, S.G. / Buchanan, M.D. / Batiyenko, Y. / Christopher, J.A. / Emtage, S. / Eroshkina, A. / Feil, ...著者: Badger, J. / Sauder, J.M. / Adams, J.M. / Antonysamy, S. / Bain, K. / Bergseid, M.G. / Buchanan, S.G. / Buchanan, M.D. / Batiyenko, Y. / Christopher, J.A. / Emtage, S. / Eroshkina, A. / Feil, I. / Furlong, E.B. / Gajiwala, K.S. / Gao, X. / He, D. / Hendle, J. / Huber, A. / Hoda, K. / Kearins, P. / Kissinger, C. / Laubert, B. / Lewis, H.A. / Lin, J. / Loomis, K. / Lorimer, D. / Louie, G. / Maletic, M. / Marsh, C.D. / Miller, I. / Molinari, J. / Muller-Dieckmann, H.J. / Newman, J.M. / Noland, B.W. / Pagarigan, B. / Park, F. / Peat, T.S. / Post, K.W. / Radojicic, S. / Ramos, A. / Romero, R. / Rutter, M.E. / Sanderson, W.E. / Schwinn, K.D. / Tresser, J. / Winhoven, J. / Wright, T.A. / Wu, L. / Xu, J. / Harris, T.J.
履歴
登録2003年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
C: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
D: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,5874
ポリマ－129,5874
非ポリマー00
水10,233568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12300 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area36990 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.965, 92.893, 82.301
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / Phospho-2- dehydro-3-deoxyoctonate aldolase / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8- phosphate ...Phospho-2- dehydro-3-deoxyoctonate aldolase / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8- phosphate synthetase / KDO-8-phosphate synthetase / KDO 8-P synthase / KDOPS


分子量: 32396.643 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: KDSA, HI1557 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P45251, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: hanging drop vapor diffusion / pH: 7.5
溶液の組成
ID濃度名称Crystal-IDSol-ID
117mg/ml protein11
2150mM NaCl12
310mM Hepes12
41mM beta-mercaptoethanol12
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mMHEPES1droppH7.5
2150 mM1dropNaCl
310 mMmethionine1drop
410 %glycerol1drop
55 mMdithiothreitol1drop
610 mg/mlprotein1drop

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→39.22 Å / Num. all: 95693 / Num. obs: 95693 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.234 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 97.7
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC4精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: Se-Met SAD phasing / 解像度: 1.8→39.22 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rfree0.242 9540
Rwork0.207 -
obs-95689
溶媒の処理溶媒モデル: Babinet bulk solvent correction / Bsol: 247.859 Å2 / ksol: 0.968 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.423 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.492 Å20 Å20.015 Å2
2--0.745 Å20 Å2
3----0.24 Å2
Refine Biso クラス: all / Treatment: isotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8216 0 0 568 8784
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.045
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.907
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.124
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.012
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.572
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.773
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.068
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.541
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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