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万見
- PDB-1o5w: The structure basis of specific recognitions for substrates and i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o5w
タイトルThe structure basis of specific recognitions for substrates and inhibitors of rat monoamine oxidase A
要素Amine oxidase [flavin-containing] A
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylethylamine metabolic process / Biogenic amines are oxidatively deaminated to aldehydes by MAOA and MAOB / Dopamine clearance from the synaptic cleft / Metabolism of serotonin / monoamine oxidase / monoamine oxidase activity / positive regulation of signal transduction / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle ...phenylethylamine metabolic process / Biogenic amines are oxidatively deaminated to aldehydes by MAOA and MAOB / Dopamine clearance from the synaptic cleft / Metabolism of serotonin / monoamine oxidase / monoamine oxidase activity / positive regulation of signal transduction / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / catecholamine catabolic process / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / dopamine catabolic process / serotonin metabolic process / serotonin binding / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial outer membrane / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #130 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / : / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #130 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / : / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / Helix non-globular / 3-Layer(bba) Sandwich / Special / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-MLG / Amine oxidase [flavin-containing] A
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Ma, J. / Yoshimura, M. / Yamashita, E. / Nakagawa, A. / Ito, A. / Tsukihara, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structure of rat monoamine oxidase a and its specific recognitions for substrates and inhibitors.
著者: Ma, J. / Yoshimura, M. / Yamashita, E. / Nakagawa, A. / Ito, A. / Tsukihara, T.
履歴
登録2003年10月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amine oxidase [flavin-containing] A
B: Amine oxidase [flavin-containing] A
C: Amine oxidase [flavin-containing] A
D: Amine oxidase [flavin-containing] A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,68612
ポリマ－242,4564
非ポリマー4,2318
水00
1
A: Amine oxidase [flavin-containing] A
B: Amine oxidase [flavin-containing] A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,3436
ポリマ－121,2282
非ポリマー2,1154
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8700 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area38150 Å2
手法PISA
2
C: Amine oxidase [flavin-containing] A
D: Amine oxidase [flavin-containing] A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,3436
ポリマ－121,2282
非ポリマー2,1154
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8640 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area38660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.560, 157.560, 257.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
Amine oxidase [flavin-containing] A / Monoamine oxidase / MAO-A


分子量: 60613.883 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: YEp51 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ2168 / 参照: UniProt: P21396, monoamine oxidase
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-MLG / N-[3-(2,4-DICHLOROPHENOXY)PROPYL]-N-METHYL-N-PROP-2-YNYLAMINE / N-METHYL-N-PROPARGYL-3-(2,4-DICHLOROPHENOXY)PROPYLAMINE / クロルギリン


分子量: 272.170 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H15Cl2NO
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.31 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 59281

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→16.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2848495.48 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 2684 5 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.242 53285 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.7025 Å2 / ksol: 0.240749 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 93.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.58 Å20 Å20 Å2
2---3.58 Å20 Å2
3---7.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.55 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.82 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→16.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16176 0 280 0 16456
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 396 4.5 %
Rwork0.352 8388 -
obs--99 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2FAD_XPLOR_PARAMFAD_XPLOR_TOP
X-RAY DIFFRACTION3CLG_PARAMCLG_TOP
X-RAY DIFFRACTION4PARAM.FAD_CYSTOPH.FAD_CYS
X-RAY DIFFRACTION5PARAM.FAD_CLGTOPH.FAD_CLG

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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