PDB-1o5o: Crystal structure of Uracil phosphoribosyltransferase (TM0721) fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1o5o

タイトル

Crystal structure of Uracil phosphoribosyltransferase (TM0721) from Thermotoga maritima at 2.30 A resolution

要素

Uracil phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TM0721 / URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

uracil salvage / uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / UMP salvage / nucleoside metabolic process / kinase activity / GTP binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Uracil phosphoribosyltransferase (TM0721) from Thermotoga maritima at 2.30 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2003年10月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2018年7月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1o5o.cif.gz	185.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1o5o.ent.gz	147.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1o5o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1o5o_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1o5o_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	1o5o_validation.xml.gz	36.1 KB	表示
CIF形式データ	1o5o_validation.cif.gz	50.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/1o5o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/1o5o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1i5eS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6wn8-3 2ehj-d 6wn8-1 2e55-d 3q7f-d 3sfy-d 6rmc-1 3q75-d 3bzw-3 1ogy-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 282591

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (2) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uracil phosphoribosyltransferase

B: Uracil phosphoribosyltransferase

C: Uracil phosphoribosyltransferase

D: Uracil phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

101 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.078, 87.406, 90.826
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.29, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	ILE	ILE	3	A	A	1 - 100	13 - 112
2	1	1	MET	MET	ILE	ILE	3	B	B	1 - 100	13 - 112
3	1	1	MET	MET	ILE	ILE	3	C	C	1 - 100	13 - 112
4	1	1	MET	MET	ILE	ILE	3	D	D	1 - 100	13 - 112
5	2	1	ALA	ALA	LYS	LYS	3	A	A	116 - 209	128 - 221
6	2	1	ALA	ALA	LYS	LYS	3	B	B	116 - 209	128 - 221
7	2	1	ALA	ALA	LYS	LYS	3	C	C	116 - 209	128 - 221
8	2	1	ALA	ALA	LYS	LYS	3	D	D	116 - 209	128 - 221
1	1	2	GLY	GLY	TYR	TYR	3	A	A	101 - 115	113 - 127
2	1	2	GLY	GLY	TYR	TYR	3	C	C	101 - 115	113 - 127
3	2	2	U5P	U5P	U5P	U5P	1	A	H	600
4	2	2	U5P	U5P	U5P	U5P	1	C	M	602
1	1	3	GLY	GLY	TYR	TYR	3	B	B	101 - 115	113 - 127
2	1	3	GLY	GLY	TYR	TYR	3	D	D	101 - 115	113 - 127
3	2	3	U5P	U5P	U5P	U5P	1	B	K	601
4	2	3	U5P	U5P	U5P	U5P	1	D	Q	603

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Uracil phosphoribosyltransferase / UMP pyrophosphorylase / UPRTase 分子量: 24814.920 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: TM0721 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZI0, uracil phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP 分子量: 324.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₉P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 9 詳細: 2.4M ammonium sulfate, 0.1M bicine pH 9.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月24日 / 詳細: bent conical Si-mirror (Rh coating)
放射	モノクロメーター: bent cylindrical Ge(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 41796 / Num. obs: 41796 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.72 % / B_iso Wilson estimate: 51.25 Å² / R_sym value: 0.102 / Net I/σ(I): 10.16
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.66 % / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / Num. unique all: 4138 / R_sym value: 0.752 / % possible all: 99.71

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.1.9999	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1i5e

1i5e

解像度: 2.3→30.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 15.204 / SU ML: 0.185 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. UNLIKE IN SUBUNITS A,C, THERE IS ONLY WEAK DENSITY FOR THE BOUND PRODUCT IN SUBUNITS B AND D, BUT IT WAS MODELLED BY NCS. THE VARIABLE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23635	2126	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16658	-	-	-
obs	0.17004	39885	99.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.165 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.39 Å²	0 Å²	-0.13 Å²
2-	-	0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6554	0	129	355	7038

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	6789
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6511
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.702	2.01	9227
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.915	3	15149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.566	5	835
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.392	24.569	267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.403	15	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.785	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	1281
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	6693
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	4429
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	337
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.175	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.17	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.196	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.966	1.5	4546
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.39	2	6801
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.216	3	2784
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.466	4.5	2426

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1141	tight positional	0.06	0.05
1	2	B	1141	tight positional	0.06	0.05
1	3	C	1141	tight positional	0.05	0.05
1	4	D	1141	tight positional	0.06	0.05
1	1	A	1817	loose positional	0.39	5
1	2	B	1817	loose positional	0.47	5
1	3	C	1817	loose positional	0.43	5
1	4	D	1817	loose positional	0.41	5
1	1	A	1141	tight thermal	1.61	10
1	2	B	1141	tight thermal	1.32	10
1	3	C	1141	tight thermal	1.37	10
1	4	D	1141	tight thermal	1.73	10
1	1	A	1817	loose thermal	1.95	10
1	2	B	1817	loose thermal	1.71	10
1	3	C	1817	loose thermal	1.58	10
1	4	D	1817	loose thermal	1.85	10
2	1	A	118	tight positional	0.03	0.05
2	1	A	151	loose positional	0.48	5
2	1	A	118	tight thermal	0.84	10
2	1	A	151	loose thermal	1.01	10
3	1	B	118	tight positional	0.05	0.05
3	1	B	151	loose positional	0.61	5
3	1	B	118	tight thermal	1.47	10
3	1	B	151	loose thermal	1.43	10

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	161	5.39 %
R_work	0.25	2826	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8222	-0.9086	-0.6602	2.3009	0.2316	2.5665	-0.139	-0.4454	0.4121	0.2167	0.2136	-0.4005	-0.1045	0.0981	-0.0746	-0.1981	0.0574	-0.0572	-0.1924	-0.1593	-0.1443	29.793	1.397	35.52
2	2.6741	-0.2331	-0.5304	1.29	-0.168	3.1931	0.0069	-0.0606	-0.0431	0.0924	0.0651	-0.0779	0.1821	0.2198	-0.0719	-0.2045	0.1346	-0.0195	-0.2409	-0.0337	-0.2412	38.442	-24.786	25.169
3	2.7006	-0.4513	0.15	3.3286	0.044	1.3671	0.1718	0.3937	-0.1212	-0.2125	-0.094	0.1387	0.1602	-0.0328	-0.0778	-0.1553	0.1092	-0.0074	-0.1269	-0.0248	-0.3288	22.292	-16.957	1.16
4	2.1743	-0.117	-0.1422	3.2086	0.3847	1.9321	-0.022	-0.0333	-0.0104	-0.008	-0.005	0.1631	0.033	-0.1815	0.027	-0.2655	0.0895	0.0106	-0.2034	-0.0213	-0.243	4.115	-5.318	21.163
5	16.686	9.0809	-1.559	9.6784	0.2162	4.0485	-0.1427	-0.8033	2.0019	-0.2351	0.1722	0.703	-0.7058	-0.0667	-0.0295	-0.0314	0.0844	-0.1045	-0.1423	-0.1952	0.0579	18.206	13.61	38.981
6	9.5714	-4.1567	2.1172	15.6958	-6.6878	10.9341	0.0667	-0.3209	-0.7105	0.3962	-0.1831	0.184	1.2172	0.356	0.1164	-0.0369	0.0969	-0.0355	-0.0965	-0.1136	-0.2172	42.668	-37.303	12.769
7	0.4965	0.4509	-2.7831	15.1251	-9.3509	18.7647	0.2715	0.4695	-0.4321	-1.0104	-0.5965	-0.7069	0.1714	0.5876	0.325	-0.0243	0.2007	0.0009	0.0177	-0.0444	-0.1383	35.636	-26.664	-3.991
8	22.4266	0.4805	-10.7208	2.9397	-1.0813	9.1131	0.2249	0.3701	0.0891	0.224	-0.1983	0.3769	0.7034	-1.1652	-0.0267	-0.1069	-0.0212	-0.0389	0.1	-0.1451	-0.2419	-0.877	5.809	34.715

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	0 - 48	12 - 60
2	1	A	A	68 - 100	80 - 112
3	1	A	A	116 - 209	128 - 221
4	1	B	B	49 - 67	61 - 79
5	2	B	B	1 - 48	13 - 60
6	2	B	B	68 - 100	80 - 112
7	2	B	B	116 - 209	128 - 221
8	2	A	A	49 - 67	61 - 79
9	3	C	C	0 - 48	12 - 60
10	3	C	C	68 - 100	80 - 112
11	3	C	C	116 - 209	128 - 221
12	3	D	D	49 - 67	61 - 79
13	4	D	D	0 - 48	12 - 60
14	4	D	D	68 - 100	80 - 112
15	4	D	D	116 - 209	128 - 221
16	4	C	C	49 - 67	61 - 79
17	5	A	A	101 - 115	113 - 127
18	6	B	B	101 - 115	113 - 127
19	7	C	C	101 - 115	113 - 127
20	8	D	D	101 - 115	113 - 127

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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