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- PDB-1o5i: Crystal structure of 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) reductase (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o5i
タイトルCrystal structure of 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) reductase (TM1169) from Thermotoga maritima at 2.50 A resolution
要素3-oxoacyl-(acyl carrier protein) reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / TM1169 / 3-OXOACYL-(ACYL CARRIER PROTEIN) REDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor / antibiotic biosynthetic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 3-oxoacyl-(Acyl carrier protein) reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) reductase (TM1169) from Thermotoga maritima at 2.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2003年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年7月18日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
改定 1.42023年1月25日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) reductase
B: 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) reductase
C: 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) reductase
D: 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,4085
ポリマ－110,7444
非ポリマー6631
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15450 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area33430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.515, 117.120, 140.847
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51A
61B
71C
81D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYVALVALAA4 - 5316 - 65
21GLYGLYVALVALBB4 - 5316 - 65
31GLYGLYVALVALCC4 - 5316 - 65
41GLYGLYVALVALDD4 - 5316 - 65
52LEULEUPHEPHEAA62 - 23574 - 247
62LEULEUPHEPHEBB62 - 23574 - 247
72LEULEUPHEPHECC62 - 23574 - 247
82LEULEUPHEPHEDD62 - 23574 - 247

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要素

#1: タンパク質
3-oxoacyl-(acyl carrier protein) reductase


分子量: 27686.096 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM1169 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9X0Q1, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.23 %
結晶化温度: 293 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 5
詳細: 20% PEG-6000, 0.1M citric acid pH 5.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.972386
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月10日 / 詳細: flat mirror
放射モノクロメーター: single crystal Si(311) bent monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972386 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→41.17 Å / Num. all: 31633 / Num. obs: 31633 / % possible obs: 85.4 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 51.32 Å2 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 2231 / Rsym value: 0.229 / % possible all: 42.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.9999精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換
開始モデル: 1i01

1i01


解像度: 2.5→41.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 20.212 / SU ML: 0.217 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.807 / ESU R Free: 0.328 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED TO THE RIDING POSITIONS. 2. NAD WAS FITTED IN SUBUNIT B BASED ON WEAK ELECTRON DENSITY CORRESPONDING TO THE NAD LOCATION IN THE HOMOLOG (1FMC). IN THE OTHER ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED TO THE RIDING POSITIONS. 2. NAD WAS FITTED IN SUBUNIT B BASED ON WEAK ELECTRON DENSITY CORRESPONDING TO THE NAD LOCATION IN THE HOMOLOG (1FMC). IN THE OTHER SUBUNITS, ELECTRON DENSITY IS SUGGESTIVE BUT TOO WEAKTO JUSTIFY FITTING NAD, PRESUMABLY DUE TO DIFFERING CRYSTAL CONTACTS. 3. THE DISULFIDE BOND (37-54) HAS NEGATIVE DIFFERENCE DENSITY IN ALL SUBUNITS, PRESUMABLY DUE TO RADIATION DAMAGE. 4. NCS IS BROKEN AT RESIDUES 54-61 AND 84/137, DUE TO CRYSTAL CONTACTS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2468 1562 4.9 %RANDOM
Rwork0.19404 ---
obs0.19662 30035 85.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.87 Å20 Å20 Å2
2---6.16 Å20 Å2
3---8.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7165 0 35 161 7361
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0227310
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026956
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7551.9789890
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.944316116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7475932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.36523.916286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.263151311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7951551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21165
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028033
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021432
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21602
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1890.27081
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.24713
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0310.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2410.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3120.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4870.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7051.54752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.21627474
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.64832868
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7744.52416
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1319tight positional0.060.05
2B1319tight positional0.060.05
3C1319tight positional0.060.05
4D1319tight positional0.050.05
1A2000loose positional0.525
2B2000loose positional0.485
3C2000loose positional0.595
4D2000loose positional0.545
1A1319tight thermal1.6710
2B1319tight thermal1.9610
3C1319tight thermal2.3110
4D1319tight thermal2.1310
1A2000loose thermal1.8510
2B2000loose thermal2.1610
3C2000loose thermal2.5210
4D2000loose thermal2.3910
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 50 5.08 %
Rwork0.264 934 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.65360.34850.28431.2601-0.07431.26980.0175-0.15560.03760.10720.00670.3121-0.1512-0.1895-0.0242-0.09330.02060.03790.0293-0.01-0.148334.64844.61852.406
21.20380.07840.10821.6167-0.01180.86560.0567-0.0729-0.04370.0821-0.0324-0.39820.11260.2763-0.0243-0.10840.0316-0.02750.0430.0031-0.118555.06422.51450.516
30.56980.07140.14561.5526-0.32791.0997-0.03560.1516-0.3752-0.4691-0.03920.00930.25150.01530.07490.14560.03870.0670.0569-0.0515-0.091546.35720.20120.705
41.4537-0.62730.18911.2104-0.39151.09520.07590.19560.1654-0.3849-0.1266-0.1779-0.20780.12850.05060.08990.01350.02610.00310.0195-0.203240.58149.922.232
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 4 - 237 / Label seq-ID: 16 - 249

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB
33CC
44DD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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