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万見
- PDB-1o1v: Human Ileal Lipid-Binding Protein (ILBP) in Complex with Cholyltaurine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o1v
タイトルHuman Ileal Lipid-Binding Protein (ILBP) in Complex with Cholyltaurine
要素Gastrotropin
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / BETA CLAM STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / Triglyceride catabolism / fatty acid transport / Recycling of bile acids and salts / fatty acid binding / lipid metabolic process / negative regulation of cell population proliferation / lipid binding / nucleus / membrane ...NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / Triglyceride catabolism / fatty acid transport / Recycling of bile acids and salts / fatty acid binding / lipid metabolic process / negative regulation of cell population proliferation / lipid binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TAUROCHOLIC ACID / Gastrotropin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry (DIANA), molecular dynamics (SYBYL), energy minimization (SYBYL)
データ登録者Kurz, M. / Brachvogel, V. / Matter, H. / Stengelin, S. / Thuering, H. / Kramer, W.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2003
タイトル: Insights into the bile acid transportation system: the human ileal lipid-binding protein-cholyltaurine complex and its comparison with homologous structures.
著者: Kurz, M. / Brachvogel, V. / Matter, H. / Stengelin, S. / Thuering, H. / Kramer, W.
履歴
登録2003年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gastrotropin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7742
ポリマ－14,2581
非ポリマー5161
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100lowest intermolecular restraint violation, DIANA target function
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 Gastrotropin / GT / Ileal lipid-binding protein / ILBP / Intestinal 15 kDa protein / I-15P / Intestinal bile acid- ...GT / Ileal lipid-binding protein / ILBP / Intestinal 15 kDa protein / I-15P / Intestinal bile acid-binding protein / I-BABP


分子量: 14258.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP6 OR ILLBP OR ILBP / プラスミド: pHUGA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51161
#2: 化合物 ChemComp-TCH / TAUROCHOLIC ACID / タウロコ-ル酸


分子量: 515.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H45NO7S

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D-NOESY
1212D DQF-COSY
1312D-TOCSY
1422D 1H-15N HSQC
1523D-NOESY-HMQC
1623D-TOCSY-HMQC
1733D HNCA
1833D HNCO
1933D-HCC(CO)NH-TOCSY
11033D (H)CCH-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1unlabeledH2O
2uniform 15N labeledH2O
3uniform 15N/13C labeledH2O
試料状態イオン強度: 50 mM KH2PO4 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 305 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Bruker解析
AURELIA2.7.5Neidig, K.P.データ解析
Sybyl-TRIAD6.7TRIPOS精密化
精密化手法: distance geometry (DIANA), molecular dynamics (SYBYL), energy minimization (SYBYL)
ソフトェア番号: 1
詳細: DIANA, MD, EM, structure based on 1832 nontrivial NOE distances from 2D-NOESY incl. 40 intermolecular distances.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest intermolecular restraint violation, DIANA target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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