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- PDB-1o0l: THE STRUCTURE OF BCL-W REVEALS A ROLE FOR THE C-TERMINAL RESIDUES... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o0l
タイトルTHE STRUCTURE OF BCL-W REVEALS A ROLE FOR THE C-TERMINAL RESIDUES IN MODULATING BIOLOGICAL ACTIVITY
要素Apoptosis regulator Bcl-W
キーワードAPOPTOSIS / BCL-2 / HELICAL BUNDLE / BINDING GROOVE / BH3
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial membrane permeability / Sertoli cell proliferation / BH domain binding / Bcl-2 family protein complex / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / cellular response to glycine / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cellular response to estradiol stimulus / response to ischemia ...negative regulation of mitochondrial membrane permeability / Sertoli cell proliferation / BH domain binding / Bcl-2 family protein complex / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / cellular response to glycine / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cellular response to estradiol stimulus / response to ischemia / cellular response to amyloid-beta / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / disordered domain specific binding / spermatogenesis / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / protein heterodimerization activity / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-W / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site ...Apoptosis regulator, Bcl-W / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry torsion angle dynamics simulated annealing
データ登録者Hinds, M.G. / Lackmann, M. / Skea, G.L. / Harrison, P.J. / Huang, D.C.S. / Day, C.L.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: The structure of Bcl-w reveals a role for the C-terminal residues in modulating biological activity
著者: Hinds, M.G. / Lackmann, M. / Skea, G.L. / Harrison, P.J. / Huang, D.C.S. / Day, C.L.
履歴
登録2003年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator Bcl-W


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2551
ポリマ－20,2551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 256structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis regulator Bcl-W / BCL2-like 2 protein


分子量: 20254.684 Da / 分子数: 1 / 変異: A128E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L2 OR BCLW OR KIAA0271 / プラスミド: pGex6P-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92843

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
2223D 15N-separated NOESY
232HNHA
3433D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using heteronuclear 3D NMR.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM Bcl-w50mM Sodium Phosphate, 70mM NaCl, 2mM TCEP, 95% H2O, 5% D2O
21 mM, U-15N Bcl-w50mM Sodium Phosphate, 70mM NaCl, 2mM TCEP, 95% H2O, 5% D2O
31 mM, U-13C, 15N, Bcl-w50mM Sodium Phosphate, 70mM NaCl, 2mM TCEP, 95% H2O, 5% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1120mM 6.7 ambient 303.15 K
2120mM 6.7 ambient 303.15 K
3120mM 6.7 ambient 303.15 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Bruker A.G.collection
XEASY1.3Bartels et al. J. Biomol. NMR 1995, 6, 1-10.データ解析
DYANA1.5Guntert et al. J. Mol. Biol. 1997, 273, 283-298.構造決定
CNS1.1Brunger et al. Acta Crystallogr. D, 1998, 54, 905-921.精密化
精密化手法: distance geometry torsion angle dynamics simulated annealing
ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 3871 constraints. Distance constraints: 694 intraresidue; 843 sequential; 912 short range; 993 long range; 64 hydrogen bonds Dihedral angle constraints: ...詳細: the structures are based on a total of 3871 constraints. Distance constraints: 694 intraresidue; 843 sequential; 912 short range; 993 long range; 64 hydrogen bonds Dihedral angle constraints: 136 phi constraints; 101 psi constraints; 34 chi1 constraints; 30 chi2 constraints
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
計算したコンフォーマーの数: 256 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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