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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nzv | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Src SH2 domain bound to doubly phosphorylated peptide PQpYIpYVPA | ||||||
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![]() | TRANSFERASE / SH2 domain / phosphotyrosine | ||||||
機能・相同性 | ![]() osteoclast development / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / bone resorption / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell adhesion ...osteoclast development / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / bone resorption / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell adhesion / phosphorylation / innate immune response / signaling receptor binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lubman, O.Y. / Waksman, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Thermodynamic Basis for the Interaction of the Src SH2 domain with the Activated form of the PDGF beta-receptor 著者: Lubman, O.Y. / Waksman, G. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN The C8 and O5 atoms of the het hroup PG4 were not modelled and are not present in the coordinates. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 59.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 452.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 457.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11842.352 Da / 分子数: 2 / 断片: SH2 domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Alpharetrovirus / 生物種: Rous sarcoma virus / 株: Schmidt-Ruppin / 遺伝子: V-SRC / プラスミド: pET3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1110.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.18 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 4000, magnesium chloride,Hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 14206 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 4.1 Å2 / Rsym value: 0.101 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 14205 / Num. measured all: 162554 / Rmerge(I) obs: 0.104 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.04 Å / 最低解像度: 2.13 Å / % possible obs: 80.4 % / Rmerge(I) obs: 0.34 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1sps 解像度: 2.1→29.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.1681 Å2 / ksol: 0.368518 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.273 / Rfactor Rwork: 0.227 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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