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- PDB-1nzm: NMR structure of the parallel-stranded DNA quadruplex d(TTAGGGT)4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nzm
タイトルNMR structure of the parallel-stranded DNA quadruplex d(TTAGGGT)4 complexed with the telomerase inhibitor RHPS4
要素5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3'
キーワードDNA / Quadruplex DNA / telomeres / telomerase inhibition / NMR spectroscopy / molecular dynamics / drug-DNA interaction / TTAGGGT REPEAT
機能・相同性: / Chem-LG1 / DNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / Restrained molecular dynamics
データ登録者Gavathiotis, E. / Heald, R.A. / Stevens, M.F.G. / Searle, M.S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Drug Recognition and Stabilisation of the Parallel-stranded DNA Quadruplex d(TTAGGGT)4 Containing the Human Telomeric Repeat
著者: Gavathiotis, E. / Heald, R.A. / Stevens, M.F.G. / Searle, M.S.
#1: ジャーナル: ANGEW.CHEM.INT.ED.ENGL. / 年: 2001
タイトル: Recognition and stabilisation of Quadruplex DNA by a potent new telomerase inhibitor: NMR studies of the 2:1 complex of a pentacyclic Methylacridinium cation with (TTAGGGT)4
著者: Gavathiotis, E. / Heald, R.A. / Stevens, M.F.G. / Searle, M.S.
履歴
登録2003年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3'
B: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3'
C: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3'
D: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4478
ポリマ－8,6744
非ポリマー7734
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #10fewest violation

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3'


分子量: 2168.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-LG1 / 3,11-DIFLUORO-6,8,13-TRIMETHYL-8H-QUINO[4,3,2-KL]ACRIDIN-13-IUM / 3,11-ジフルオロ-6,8,13-トリメチル-8,13-ジアザ-8H-ジベンゾ[a,de]アントラセン-13-イウム


分子量: 347.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H17F2N2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131DQF-COSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D NMR techniques

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試料調製

詳細内容: 1.6mM 2:1 RHPS4-d(TTAGGGT)4, 100 mM KCl, 10 mM K2HPO4 buffer, 1 mM EDTA,90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 318 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン分類
ANSIG3.3データ解析
XwinNMR2.7collection
XwinNMR2.7解析
Amber6構造決定
Amber6精密化
精密化手法: Restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a set of 668 NOE restraints, 161 per strand of the quadruplex DNA (TTAGGGT)4 and 24 for both RHPS4 ligands.No hydrogen-bond restraints used.
代表構造選択基準: fewest violation
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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