PDB-1nyw: The high resolution structures of RmlC from Streptoccus suis in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1nyw

タイトル

The high resolution structures of RmlC from Streptoccus suis in complex with dTDP-D-glucose

要素

dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3,5-epimerase

キーワード

ISOMERASE / Jelly roll-like structure / Beta sheet

機能・相同性

機能・相同性情報

dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / extracellular polysaccharide biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus suis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Dong, C. / Major, L.L. / Allen, A. / Blankenfeldt, W. / Maskell, D. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: High-Resolution Structures of RmlC from Streptococcus suis in Complex with Substrate Analogs Locate the Active Site of This Class of Enzyme
著者: Dong, C. / Major, L.L. / Allen, A. / Blankenfeldt, W. / Maskell, D. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2003年2月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2012年5月23日	Group: Atomic model / Refinement description
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1nyw.cif.gz	189.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1nyw.ent.gz	149.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1nyw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1nyw_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1nyw_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	1nyw_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	1nyw_validation.cif.gz	34.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/1nyw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/1nyw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nxmC 1nzcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ixj-1 1dzr-d 2b9u-6 2b9u-5 1nxm-d 6a5b-d 1epz-1 1wlt-d 3dc0-d 6c46-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3,5-epimerase

B: dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3,5-epimerase

ヘテロ分子

46.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.586, 47.895, 72.417
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.02, 90.00
Int Tables number	4
Cell setting	monoclinic
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	PRO	PRO	2	A	A	22 - 27	22 - 27
2	1	LEU	LEU	PRO	PRO	2	B	B	22 - 27	22 - 27
3	2	LEU	LEU	SER	SER	2	A	A	60 - 67	60 - 67
4	2	LEU	LEU	SER	SER	2	B	B	60 - 67	60 - 67
5	3	VAL	VAL	ALA	ALA	4	A	A	71 - 77	71 - 77
6	3	VAL	VAL	ALA	ALA	4	B	B	71 - 77	71 - 77
7	4	TRP	TRP	VAL	VAL	2	A	A	80 - 86	80 - 86
8	4	TRP	TRP	VAL	VAL	2	B	B	80 - 86	80 - 86
9	5	GLY	GLY	GLU	GLU	2	A	A	90 - 101	90 - 101
10	5	GLY	GLY	GLU	GLU	2	B	B	90 - 101	90 - 101
11	6	GLY	GLY	ILE	ILE	2	A	A	106 - 113	106 - 113
12	6	GLY	GLY	ILE	ILE	2	B	B	106 - 113	106 - 113
13	7	SER	SER	PRO	PRO	2	A	A	116 - 122	116 - 122
14	7	SER	SER	PRO	PRO	2	B	B	116 - 122	116 - 122
15	8	VAL	VAL	VAL	VAL	2	A	A	125 - 131	125 - 131
16	8	VAL	VAL	VAL	VAL	2	B	B	125 - 131	125 - 131
17	9	VAL	VAL	VAL	VAL	2	A	A	136 - 142	136 - 142
18	9	VAL	VAL	VAL	VAL	2	B	B	136 - 142	136 - 142
19	10	PHE	PHE	MET	MET	4	A	A	6 - 21	6 - 21
20	10	PHE	PHE	MET	MET	4	B	B	6 - 21	6 - 21
21	11	PRO	PRO	LYS	LYS	4	A	A	27 - 59	27 - 59
22	11	PRO	PRO	LYS	LYS	4	B	B	27 - 59	27 - 59
23	12	ARG	ARG	ASN	ASN	6	A	A	68 - 70	68 - 70
24	12	ARG	ARG	ASN	ASN	6	B	B	68 - 70	68 - 70
25	13	GLU	GLU	PRO	PRO	6	A	A	78 - 79	78 - 79
26	13	GLU	GLU	PRO	PRO	6	B	B	78 - 79	78 - 79
27	14	ALA	ALA	GLY	GLY	6	A	A	87 - 89	87 - 89
28	14	ALA	ALA	GLY	GLY	6	B	B	87 - 89	87 - 89
29	15	GLY	GLY	PHE	PHE	6	A	A	102 - 105	102 - 105
30	15	GLY	GLY	PHE	PHE	6	B	B	102 - 105	102 - 105
31	16	ASP	ASP	ALA	ALA	6	A	A	114 - 115	114 - 115
32	16	ASP	ASP	ALA	ALA	6	B	B	114 - 115	114 - 115
33	17	ARG	ARG	GLY	GLY	6	A	A	123 - 124	123 - 124
34	17	ARG	ARG	GLY	GLY	6	B	B	123 - 124	123 - 124
35	18	LEU	LEU	PHE	PHE	6	A	A	132 - 135	132 - 135
36	18	LEU	LEU	PHE	PHE	6	B	B	132 - 135	132 - 135
37	19	ASN	ASN	LEU	LEU	5	A	A	143 - 197	143 - 197
38	19	ASN	ASN	LEU	LEU	5	B	B	143 - 197	143 - 197

#1: タンパク質	dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3,5-epimerase / E.C.5.1.3.13 / dTDP-4-dehydrorhamnose 3 / 5-epimerase 分子量: 22488.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptococcus suis (バクテリア) / 株: serotype 2 / 遺伝子: rmlc / プラスミド: pET21(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8GIQ0, dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
#2: 化合物	ChemComp-DAU / 2'DEOXY-THYMIDINE-5'-DIPHOSPHO-ALPHA-D-GLUCOSE / チミジン5′-二りん酸β-(α-D-グルコピラノシル) 分子量: 564.329 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₆N₂O₁₆P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 25.3 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 0.1 M Tris, 4 mM NiCl2,40% PEG 2000, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	7 mg/ml	protein	1	drop
2	0.1 M	Tris-HCl	1	reservoir	pH8.4
3	4 mM		1	reservoir		NiCl2
4	40 %	PEG2000	1	reservoir
5	20 mM	dTDP-D-glucose	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 詳細: Diamond
放射	モノクロメーター: Diamond(111), Ge(220), Toroidal mirror プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→29.88 Å / Num. all: 43875 / Num. obs: 43352 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 1.151 / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 24.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 5.2
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 5230 / R_sym value: 0.292 / % possible all: 79.8
反射	PLUS 最低解像度: 44.28 Å / Num. measured all: 383364 / R_merge(I) obs*: 0.083
反射シェル	PLUS % possible obs: 79.8 % / R_merge(I) obs*: 0.292

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.1.19	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→29.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 2.346 / SU ML: 0.082 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21679	2190	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17257	-	-	-
all	0.175	43352	-	-
obs	0.17486	41144	95.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.893 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.52 Å²	0 Å²	-0.09 Å²
2-	-	-0.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.33 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.108 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3145	0	72	507	3724

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.021	3318
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2868
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.822	1.971	4513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.979	3	6712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.625	5	389
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	468
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3665
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	695
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	667
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.259	0.2	3412
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.206	0.2	373
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.17	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.244	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.229	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.593	1.5	1943
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.043	2	3125
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.688	3	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.68	4.5	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.627	2	3318
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	3.516	2	507
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	2.309	2	3223

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
944	tight positional	0.07	0.05
1725	medium positional	0.78	0.5
282	loose positional	0.73	5
944	tight thermal	0.74	0.5
1725	medium thermal	1.17	2
282	loose thermal	1.63	10

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / R_factor R_free error: 0.108 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	114	-
R_work	0.312	2372	-
obs	-	2372	79.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6712	0.3541	-0.2546	1.0218	0.0906	1.0467	0.0443	0.0408	-0.1093	0.0199	0.0327	0.0042	0.0893	-0.0506	-0.0771	0.074	-0.0064	-0.0251	0.0034	-0.0095	0.0567	-2.159	-10.71	20.417
2	1.3468	0.3084	0.0005	0.7063	0.0231	0.462	-0.0355	0.1362	0.0164	-0.0699	0.0637	-0.0728	-0.1186	0.1328	-0.0282	0.1296	-0.0419	0.0181	0.058	-0.0131	0.0157	14.463	10.246	14.059

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 197	4 - 197
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 197	3 - 197

精密化

*PLUS

R_factor R_free: 0.217 / R_factor R_work: 0.173

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.019
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.82

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 1.64 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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