PDB-1nyt: SHIKIMATE DEHYDROGENASE AroE COMPLEXED WITH NADP+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1nyt

タイトル

SHIKIMATE DEHYDROGENASE AroE COMPLEXED WITH NADP+

要素

Shikimate 5-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alpha/beta domains / wide cleft separation

機能・相同性

機能・相同性情報

shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / shikimate metabolic process / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / NADP binding / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Roszak, A.W. / Lapthorn, A.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structures of shikimate dehydrogenase AroE and its Paralog YdiB. A common structural framework for different activities.
著者: Michel, G. / Roszak, A.W. / Sauve, V. / Maclean, J. / Matte, A. / Coggins, J.R. / Cygler, M. / Lapthorn, A.J.

履歴

登録	2003年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Atomic model / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1nyt.cif.gz	482.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1nyt.ent.gz	397.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1nyt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1nyt_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1nyt_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	1nyt_validation.xml.gz	56.6 KB	表示
CIF形式データ	1nyt_validation.cif.gz	84.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/1nyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/1nyt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1o9bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2o6i-d 4nqa-2 5gqr-d 4c7d-d 3jux-d 1dbz-d 5ah5-2 4il3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Shikimate 5-dehydrogenase

B: Shikimate 5-dehydrogenase

C: Shikimate 5-dehydrogenase

D: Shikimate 5-dehydrogenase

ヘテロ分子

122 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Shikimate 5-dehydrogenase

B: Shikimate 5-dehydrogenase

C: Shikimate 5-dehydrogenase

D: Shikimate 5-dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Shikimate 5-dehydrogenase

B: Shikimate 5-dehydrogenase

C: Shikimate 5-dehydrogenase

D: Shikimate 5-dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
244 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Shikimate 5-dehydrogenase

C: Shikimate 5-dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Shikimate 5-dehydrogenase

C: Shikimate 5-dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Shikimate 5-dehydrogenase

D: Shikimate 5-dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Shikimate 5-dehydrogenase

D: Shikimate 5-dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
244 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.524, 140.019, 102.712
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 122.07, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1425- HOH
2	1	A-1426- HOH
3	1	A-1427- HOH
4	1	B-1436- HOH
5	1	B-1437- HOH
6	1	D-1687- HOH

#1: タンパク質	Shikimate 5-dehydrogenase 分子量: 29371.490 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: AROE / プラスミド: pTB361 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AB2834 / 参照: UniProt: P15770, shikimate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / 詳細: T7 RNA polymerase
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-DTV / (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / D-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.7 詳細: 1.6M ammonium sulfate, 100mM cacodylate buffer, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月12日 / 詳細: mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→38.92 Å / Num. all: 210686 / Num. obs: 196162 / % possible obs: 93.11 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 19.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 18.8
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.766 / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / Num. unique all: 9101 / % possible all: 86.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.27	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CCP4	(TRUNCATE)	データスケーリング
MLPHARE		位相決定
SHELXD		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.5→38.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 1.119 / SU ML: 0.041 / Isotropic thermal model: Anisotropic temperature factors / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16869	19515	9.9 %	RANDOM
R_work	0.1323	-	-	-
all	0.13594	196162	-	-
obs	0.13594	196162	93.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.02 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.064 Å	0.071 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→38.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8236	0	270	1333	9839

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	8760
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	7916
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.776	1.997	11925
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.063	3	18416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.538	5	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.137	0.2	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	9631
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1701
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.25	0.2	9175
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.106	0.2	4957
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	879
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.162	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.338	0.2	125
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.154	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.747	1.5	5353
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.547	2	8577
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.032	3	3407
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.741	4.5	3348

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数
R_free	0.287	1068
R_work	0.226	10088
obs	-	10088

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.649	-0.0105	-0.129	0.3037	-0.0086	0.61	-0.0108	0.0211	-0.0811	0.0075	-0.03	0.0054	-0.0298	-0.0282	0.0407	0.0476	0.0363	-0.0137	0.0796	-0.005	0.063	66.3434	24.3964	27.1614
2	0.6504	0.0902	-0.2174	0.2889	-0.0521	1.1529	-0.055	0.0733	0.0291	0.0372	0.0508	0.0417	0.067	-0.0918	0.0041	0.0478	0.0173	-0.0129	0.0796	0.0082	0.0619	48.6929	31.3179	14.1505
3	0.566	0.25	0.0292	0.5164	0.2807	0.497	0.0339	0.0102	0.057	0.079	-0.0789	0.0441	0.0778	0.0353	0.045	0.0719	0.0241	0.0188	0.0657	0.0047	0.0513	43.5273	87.4061	26.915
4	0.5621	0.0777	0.0404	0.3418	0.0727	0.8278	-0.0466	0.0711	-0.021	0.0659	0.0452	-0.0656	-0.0167	0.0425	0.0014	0.0539	0.0221	0.0011	0.0638	-0.0045	0.0765	61.4977	80.7897	14.2255
5	0.4847	-0.0297	-0.0958	1.414	-0.3092	0.9141	-0.0081	0.0711	0.0524	0.061	-0.0506	0.0151	-0.0957	0.064	0.0587	0.0466	0.0266	-0.0134	0.0555	0.0347	0.0759	69.9759	53.2192	25.0478
6	1.2698	-0.4258	0.108	0.3778	-0.0262	0.8954	0.0635	0.0829	0.196	0.0208	-0.0459	-0.1566	-0.0746	0.0361	-0.0176	0.0439	-0.0076	-0.0019	0.0403	0.0063	0.1234	92.7856	44.2152	26.6419
7	0.871	-0.2724	0.3921	0.9423	-0.2153	0.6545	0.0079	0.0569	-0.1108	-0.003	-0.0224	0.0345	0.0359	-0.0111	0.0145	0.0527	0.0441	0.0245	0.0603	-0.0187	0.0773	39.9814	58.8805	24.8604
8	1.1206	-0.0422	-0.1864	0.6322	0.1662	0.868	0.0269	0.1019	-0.0157	0.068	-0.0823	0.0832	0.12	-0.062	0.0554	0.0538	-0.0035	0.018	0.0503	-0.0151	0.0802	17.7844	67.5411	27.0539

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 101	1 - 101
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	242 - 271	242 - 271
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	G - T	1404 - 1405	1
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	102 - 241	102 - 241
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	R - F	1401 - 1403	1
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	1 - 101	1 - 101
7	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	242 - 271	242 - 271
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	J - R	1414 - 1434	1
9	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	102 - 241	102 - 241
10	X-RAY DIFFRACTION	4	B	U - I	1411 - 1413	1
11	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	1 - 101	1 - 101
12	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	242 - 269	242 - 269
13	X-RAY DIFFRACTION	5	C	L - O	1423 - 1426	1
14	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	102 - 241	102 - 241
15	X-RAY DIFFRACTION	6	C	V - K	1421 - 1422	1
16	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	1 - 101	1 - 101
17	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	242 - 270	242 - 270
18	X-RAY DIFFRACTION	7	D	Q	1433	1
19	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	102 - 241	102 - 241
20	X-RAY DIFFRACTION	8	D	W - P	1431 - 1432	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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