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- PDB-1nxq: Crystal Structure of R-alcohol dehydrogenase (RADH) (apoenyzme) f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nxq
タイトルCrystal Structure of R-alcohol dehydrogenase (RADH) (apoenyzme) from Lactobacillus brevis
要素R-alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / short chain dehydrogenases/reductases / SDR enzyme family / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


bile acid metabolic process / oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
R-specific alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus brevis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Niefind, K. / Muller, J. / Riebel, B. / Hummel, W. / Schomburg, D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The crystal structure of R-specific alcohol dehydrogenase from Lactobacillus brevis suggests the structural basis of its metal dependency
著者: Niefind, K. / Muller, J. / Riebel, B. / Hummel, W. / Schomburg, D.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and preliminary characterization of crystals of R-alcohol dehydrogenase from Lactobacillus brevis
著者: Niefind, K. / Riebel, B. / Muller, J. / Hummel, W. / Schomburg, D.
履歴
登録2003年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R-alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6802
ポリマ－26,6561
非ポリマー241
水3,279182
1
A: R-alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: R-alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: R-alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: R-alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,7218
ポリマ－106,6244
非ポリマー974
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area14200 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area33120 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)56.444, 85.065, 115.336
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-252-

MG

21A-253-

HOH

31A-254-

HOH

41A-256-

HOH

詳細The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the following operations: x, -y, -z; -x, y, -z; -x, -y, z

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要素

#1: タンパク質 R-alcohol dehydrogenase / RADH


分子量: 26656.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus brevis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84EX5, alcohol dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 40%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
詳細: Niefind, K., (2000) Acta Crystallogr., D56, 1696.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
11 mM1dropMgCl2
220 mMTEA1droppH7.0
315 mg/mlprotein1drop
440 %(v/v)MPD1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月20日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→68.5 Å / Num. all: 26474 / Num. obs: 26183 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 14.5 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 46.4
反射 シェル解像度: 1.79→1.86 Å / 冗長度: 8.3 % / Mean I/σ(I) obs: 11.2 / Rsym value: 0.235 / % possible all: 91.3
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.3 % / Rmerge(I) obs: 0.235

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB FILE 2HSD REDUCED TO A POLY-ALA CHAIN

2hsd


解像度: 1.79→69.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17819 1079 4.1 %RANDOM
Rwork0.14997 ---
all0.15112 ---
obs0.15112 25103 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.002 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å20 Å20 Å2
2--0.77 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→69.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1871 0 1 182 2054
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211915
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021735
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2331.9532589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.16534052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.9553250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg13.21515340
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02366
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.3387
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.31578
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.5155
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.310
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2120.335
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1130.516
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6691.51238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26521984
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.123677
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5694.5605
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.794→1.84 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.327 64
Rwork0.249 1679
精密化
*PLUS
最低解像度: 68.5 Å / Rfactor Rfree: 0.178 / Rfactor Rwork: 0.15
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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