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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nx0 | ||||||
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タイトル | Structure of Calpain Domain 6 in Complex with Calpastatin DIC | ||||||
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![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / CALCIUM BINDING / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() calcium-dependent cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / Degradation of the extracellular matrix / calpain complex / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / protein catabolic process / calcium ion binding / proteolysis / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Todd, B. / Moore, D. / Deivanayagam, C.C.S. / Lin, G.-D. / Chattopadhyay, D. / Maki, M. / Wang, K.K.W. / Narayana, S.V.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A structural model for the inhibition of calpain by calpastatin: crystal structures of the native domain VI of calpain and its complexes with calpastatin peptide and a small molecule inhibitor. 著者: Todd, B. / Moore, D. / Deivanayagam, C.C.S. / Lin, G.-D. / Chattopadhyay, D. / Maki, M. / Wang, K.K.W. / Narayana, S.V.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 68.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 391.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 403.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19883.477 Da / 分子数: 2 / 断片: Domain VI / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1241.261 Da / 分子数: 2 / 断片: DIC, residues 230-241 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 473.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE Peptide WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.08 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 6000, BME, EDTA, CaCl2, NaCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→100 Å / Num. all: 18854 / Num. obs: 18854 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.06 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→100 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.213 / Rfactor Rwork: 0.264 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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