+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nwy | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | RIBOSOME / AZITHROMYCIN / MACROLIDE / KETOLIDE / 50S / RIBOSOMAL | ||||||
機能・相同性 | ![]() large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome ...large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schluenzen, F. / Harms, J. / Franceschi, F. / Hansen, H.A.S. / Bartels, H. / Zarivach, R. / Yonath, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the antibiotic activity of ketolides and azalides. 著者: Schlunzen, F. / Harms, J.M. / Franceschi, F. / Hansen, H.A. / Bartels, H. / Zarivach, R. / Yonath, A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 693.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 888.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 59 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 130.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 09
#1: RNA鎖 | 分子量: 933405.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
---|---|
#2: RNA鎖 | 分子量: 39911.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
+Ribosomal protein ... , 28種, 28分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSUWXYZ1234
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 3分子 T![](data/chem/img/ZIT.gif)
![](data/chem/img/ZIT.gif)
#22: タンパク質 | 分子量: 25415.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
---|---|
#32: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法詳細: Harms, J.M., (2001) Cell (Cambridge,Mass.), 107, 679. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: SBC / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月14日 |
放射 | モノクロメーター: SI111 OR SI311 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→30 Å / Num. all: 330873 / Num. obs: 330873 / % possible obs: 86.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.25 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 83.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 30 Å / Rmerge(I) obs: 0.11 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83.4 % / Rmerge(I) obs: 0.339 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1LNR ![]() 1lnr 解像度: 3.3→15 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: THE STRUCTURE CONTAINS CA COORDINATES ONLY FOR THE PROTEIN CHAINS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→15 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 30 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |