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万見
- EMDB-3133: Cryo-EM structures of the 50S ribosome subunit bound with HflX -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3133
タイトルCryo-EM structures of the 50S ribosome subunit bound with HflX
マップデータCryo-EM structures of the 50S ribosome subunit bound with HflX
試料
  • 試料: 50S-HflX complex
  • 複合体: prokaryotic 50S ribosome subunit
  • タンパク質・ペプチド: HflX
キーワードRibosome rescue
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / translational termination / negative regulation of cytoplasmic translation ...ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / translational termination / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / rescue of stalled ribosome / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosome assembly / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome binding / response to heat / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HflX, C-terminal domain / HflX C-terminal domain / GTPase HflX / GTPase HflX, N-terminal / HflX-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GTP-binding protein, middle domain / GTPase HflX, N-terminal domain superfamily / GTP-binding GTPase N-terminal / GTP-binding GTPase Middle Region / HflX-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. ...HflX, C-terminal domain / HflX C-terminal domain / GTPase HflX / GTPase HflX, N-terminal / HflX-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GTP-binding protein, middle domain / GTPase HflX, N-terminal domain superfamily / GTP-binding GTPase N-terminal / GTP-binding GTPase Middle Region / HflX-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / 50S ribosome-binding GTPase / Ribosomal protein L1, bacterial-type / GTP binding domain / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / EF-G domain III/V-like / : / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 ...Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / GTPase HflX / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Zhang Y / Mandava CS / Cao W / Li X / Zhang D / Li N / Zhang X / Qin Y / Mi K / Lei J ...Zhang Y / Mandava CS / Cao W / Li X / Zhang D / Li N / Zhang X / Qin Y / Mi K / Lei J / Sanyal S / Gao N
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: HflX is a ribosome-splitting factor rescuing stalled ribosomes under stress conditions.
著者: Yanqing Zhang / Chandra Sekhar Mandava / Wei Cao / Xiaojing Li / Dejiu Zhang / Ningning Li / Yixiao Zhang / Xiaoxiao Zhang / Yan Qin / Kaixia Mi / Jianlin Lei / Suparna Sanyal / Ning Gao /
要旨: Adverse cellular conditions often lead to nonproductive translational stalling and arrest of ribosomes on mRNAs. Here, we used fast kinetics and cryo-EM to characterize Escherichia coli HflX, a ...Adverse cellular conditions often lead to nonproductive translational stalling and arrest of ribosomes on mRNAs. Here, we used fast kinetics and cryo-EM to characterize Escherichia coli HflX, a GTPase with unknown function. Our data reveal that HflX is a heat shock-induced ribosome-splitting factor capable of dissociating vacant as well as mRNA-associated ribosomes with deacylated tRNA in the peptidyl site. Structural data demonstrate that the N-terminal effector domain of HflX binds to the peptidyl transferase center in a strikingly similar manner as that of the class I release factors and induces dramatic conformational changes in central intersubunit bridges, thus promoting subunit dissociation. Accordingly, loss of HflX results in an increase in stalled ribosomes upon heat shock. These results suggest a primary role of HflX in rescuing translationally arrested ribosomes under stress conditions.
履歴
登録2015年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年9月16日-
マップ公開2015年10月14日-
更新2015年12月2日-
現状2015年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5ady
  • 表面レベル: 1.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3133.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3133.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structures of the 50S ribosome subunit bound with HflX
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.17 Å/pix.
x 300 pix.
= 349.77 Å		1.17 Å/pix.
x 300 pix.
= 349.77 Å		1.17 Å/pix.
x 300 pix.
= 349.77 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1659 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.4 / ムービー #1: 1.4
最小 - 最大-2.33597445 - 5.85036802
平均 (標準偏差)0.04000991 (±0.41606173)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-149-149-149
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 349.77 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.16591.16591.1659
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z349.770349.770349.770
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-149-149-149
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-2.3365.8500.040

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 50S-HflX complex

全体名称: 50S-HflX complex
要素
  • 試料: 50S-HflX complex
  • 複合体: prokaryotic 50S ribosome subunit
  • タンパク質・ペプチド: HflX

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超分子 #1000: 50S-HflX complex

超分子名称: 50S-HflX complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2
分子量実験値: 1.5 MDa / 理論値: 1.5 MDa

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超分子 #1: prokaryotic 50S ribosome subunit

超分子名称: prokaryotic 50S ribosome subunit / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 50S subunit / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: LSU 50S
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 1.5 MDa / 理論値: 1.5 MDa

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分子 #1: HflX

分子名称: HflX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: GMPPNP was bound with HflX in the 50S-HflX complex. / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 50 KDa / 理論値: 50 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換プラスミド: pET28a
配列UniProtKB: GTPase HflX

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris-HCl, 100mM NH4Cl, 10mM MgCl2
グリッド詳細: 200 mesh copper grid with thin carbon support, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 1 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2012年1月7日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 実像数: 6022 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.70 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider, Relion / 使用した粒子像数: 384206

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3fik
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: MDFF
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-5ady:
Cryo-EM structures of the 50S ribosome subunit bound with HflX

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3kxi

ソフトウェア名称: MDFF
詳細Atomic model of E. coli HflX was modeled from the crystal structure of Sulfolobus solfataricus HflX (PDB id: 3KXI).The homology modeling was performed with MODELLER. The model of the CTD of E. coli HflX was independently modeled by I-TASSER (template PDB code: 2WBM, residues 164-232). The switch I region disordered in the crystal structure of S. solfataricus HflX was modeled using the crystal structure of S. thermophilus NFeoB (PDB id: 3B1X) as a template. GMPPNP was derived from a previous model (PDB id: 3B1X) and docked into the atomic model of the E. coli HflX.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-5ady:
Cryo-EM structures of the 50S ribosome subunit bound with HflX

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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