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- PDB-1nw5: Structure of the beta class N6-adenine DNA methyltransferase RsrI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nw5
タイトルStructure of the beta class N6-adenine DNA methyltransferase RsrI bound to S-ADENOSYLMETHIONINE
要素MODIFICATION METHYLASE RSRI
キーワードTRANSFERASE / ADENINE DNA METHYLTRANSFERASE / S-ADENOSYLMETHIONINE / ROSSMANN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
N4/N6-methyltransferase, Type III restriction-modification enzyme EcoPI Mod subunit-like / DNA methylase N-4/N-6 / DNA methylase / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Type II methyltransferase M.RsrI
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Thomas, C.B. / Scavetta, R.D. / Gumport, R.I. / Churchill, M.E.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structures of liganded and unliganded RsrI N6-adenine DNA methyltransferase: a distinct orientation for active cofactor binding
著者: Thomas, C.B. / Scavetta, R.D. / Gumport, R.I. / Churchill, M.E.A.
履歴
登録2003年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MODIFICATION METHYLASE RSRI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1363
ポリマ－35,7021
非ポリマー4342
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: MODIFICATION METHYLASE RSRI
ヘテロ分子

A: MODIFICATION METHYLASE RSRI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2726
ポリマ－71,4042
非ポリマー8684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area3710 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area23860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.360, 129.060, 67.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細the other half of the putative dimer is related by a 2-fold rotation about the y axis

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要素

#1: タンパク質 MODIFICATION METHYLASE RSRI / Adenine-specific methyltransferase RsrI / M.RsrI / DNA methyltransferase RsrI


分子量: 35702.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: rsrIM / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P14751, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: lithium sulfate, HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12.0 mg/mlprotein1drop
21-20 mMAdoMet1reservoir
3100 mMHEPES1reservoirpH7.4
41.5 M1reservoirLi2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→20 Å / Num. all: 19581 / Num. obs: 18235 / % possible obs: 93.2 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rsym value: 0.028 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 681 / Rsym value: 0.295 / % possible all: 70.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 43607 / Rmerge(I) obs: 0.028
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 70.7 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Num. unique obs: 681

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→19.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 117750.83 / Data cutoff high rms absF: 117750.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1706 9.8 %RANDOM
Rwork0.201 ---
all0.201 19581 --
obs-17425 89 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.477 Å2 / ksol: 0.355505 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å20 Å2
2--2.21 Å20 Å2
3----2.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2146 0 28 144 2318
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.862.5
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 233 10.1 %
Rwork0.228 2065 -
obs--71.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP_CBT.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2COFACTORS.PARAMCOFACTORS.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 18235 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.15
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.79
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.24 / Num. reflection Rwork: 681

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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