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万見
- PDB-1nvj: Deletion Mutant (Delta 141) of Molybdopterin Synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nvj
タイトルDeletion Mutant (Delta 141) of Molybdopterin Synthase
要素Molybdopterin converting factor subunit 2
キーワードTRANSFERASE / Deletion Mutant / Molybdenum cofactor biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdopterin synthase complex / molybdopterin synthase / molybdopterin synthase activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Molybdopterin biosynthesis MoaE subunit / Molybdopterin biosynthesis MoaE / Molybdopterin biosynthesis MoaE subunit superfamily / MoaE protein / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Molybdopterin synthase catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Rudolph, M.J. / Wuebbens, M.M. / Turque, O. / Rajagopalan, K.V. / Schindelin, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structural Studies of Molybdopterin Synthase Provide Insights into its Catalytic Mechanism
著者: Rudolph, M.J. / Wuebbens, M.M. / Turque, O. / Rajagopalan, K.V. / Schindelin, H.
履歴
登録2003年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdopterin converting factor subunit 2
B: Molybdopterin converting factor subunit 2
C: Molybdopterin converting factor subunit 2
D: Molybdopterin converting factor subunit 2
E: Molybdopterin converting factor subunit 2
F: Molybdopterin converting factor subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,90924
ポリマ－94,8046
非ポリマー1,10518
水5,945330
1
A: Molybdopterin converting factor subunit 2
B: Molybdopterin converting factor subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0859
ポリマ－31,6012
非ポリマー4837
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area11280 Å2
手法PISA
2
C: Molybdopterin converting factor subunit 2
D: Molybdopterin converting factor subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,10810
ポリマ－31,6012
非ポリマー5068
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12500 Å2
手法PISA
3
E: Molybdopterin converting factor subunit 2
F: Molybdopterin converting factor subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7175
ポリマ－31,6012
非ポリマー1153
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.128, 127.832, 138.118
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The Biological Assembly is a Dimer. There are Three Dimers in the Asymmetric Unit.

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要素

#1: タンパク質
Molybdopterin converting factor subunit 2 / MPT synthase subunit 2 / Molybdopterin synthase subunit 2 / Molybdenum cofactor biosynthesis ...MPT synthase subunit 2 / Molybdopterin synthase subunit 2 / Molybdenum cofactor biosynthesis protein E / Molybdopterin converting factor large subunit


分子量: 15800.741 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 0-139 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: MOAE OR CHLA5 OR B0785 / プラスミド: pET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30749
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.28 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG 4000, 10% Isopropanol and 0.1 M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1600 mMsodium formate1reservoir
215 %PEG40001reservoir
310 %isopropanol1reservoir
4100 mMTris1reservoirpH7.5
520 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月1日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→47.14 Å / Num. all: 47232 / Num. obs: 47232 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル最高解像度: 2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.367 / % possible all: 73.1
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 167567
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 73.1 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FM0

1fm0


解像度: 2.15→47.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.234 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22704 2394 5.1 %RANDOM
Rwork0.17654 ---
all0.17901 47231 --
obs0.17901 44837 93.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.949 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→47.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5903 0 70 330 6303
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0216128
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3531.9328303
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83312798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2565729
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2885
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026765
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021329
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.21076
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2430.26494
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.23811
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0320.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4490.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2950.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2420.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7271.53684
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36625929
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.89732444
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2424.52374
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.275 158
Rwork0.237 2474
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.28631.2260.46172.92740.73171.1377-0.00860.0848-0.17050.0215-0.15920.22910.0624-0.1650.16770.08220.03440.00420.1047-0.07490.15049.994822.614158.6478
21.96650.3041-0.20162.5361-0.07771.6558-0.0265-0.0541-0.07270.11440.0483-0.1525-0.04740.0408-0.02190.09930.06870.00490.091-0.02670.091831.01226.450666.0356
31.623-0.21560.25781.31750.26671.42650.021-0.150.20020.10080.0844-0.21250.0250.1553-0.10540.08250.0176-0.00260.1049-0.11990.196727.879951.308979.1532
42.5601-0.77451.22391.3545-0.53481.3674-0.0354-0.30220.01460.07430.21310.22270.1005-0.1092-0.17780.11110.0170.04170.0816-0.03550.15723.982952.773281.8998
52.6754-0.1547-0.18412.30370.95212.682-0.044-0.04250.1216-0.00780.00450.2943-0.0923-0.42010.03950.12440.11740.08260.26080.09640.083216.95732.127828.5182
62.5423-0.01211.06560.8416-0.13534.0817-0.10630.02530.13890.01810.0936-0.0011-0.31510.30870.01260.21830.05690.0530.17230.00490.016235.480643.541533.9994
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 1272 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 1272 - 127
3X-RAY DIFFRACTION3CC2 - 1282 - 128
4X-RAY DIFFRACTION4DD2 - 1402 - 140
5X-RAY DIFFRACTION5EE2 - 1262 - 126
6X-RAY DIFFRACTION6FF2 - 1272 - 127
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.227 / Rfactor Rwork: 0.177
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_deg6.26
X-RAY DIFFRACTIONr_plane_restr0.005

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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