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- PDB-1nun: Crystal Structure Analysis of the FGF10-FGFR2b Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nun
タイトルCrystal Structure Analysis of the FGF10-FGFR2b Complex
要素
  • Fibroblast growth factor-10
  • fibroblast growth factor receptor 2 isoform 2
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR/MEMBRANE PROTEIN / BETA-TREFOIL FOLD / IMMUNOGLOBULIN-LIKE DOMAIN / HORMONE-GROWTH FACTOR-MEMBRANE PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


bronchiole morphogenesis / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in lung development / lung proximal/distal axis specification / tear secretion / positive regulation of white fat cell proliferation / positive regulation of hair follicle cell proliferation / embryonic genitalia morphogenesis / urothelial cell proliferation / positive regulation of urothelial cell proliferation / submandibular salivary gland formation ...bronchiole morphogenesis / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in lung development / lung proximal/distal axis specification / tear secretion / positive regulation of white fat cell proliferation / positive regulation of hair follicle cell proliferation / embryonic genitalia morphogenesis / urothelial cell proliferation / positive regulation of urothelial cell proliferation / submandibular salivary gland formation / secretion by lung epithelial cell involved in lung growth / regulation of activin receptor signaling pathway / type 2 fibroblast growth factor receptor binding / semicircular canal fusion / white fat cell proliferation / muscle cell fate commitment / salivary gland development / lung saccule development / fibroblast growth factor receptor apoptotic signaling pathway / Harderian gland development / prostatic bud formation / radial glial cell differentiation / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / regulation of saliva secretion / female genitalia morphogenesis / Signaling by FGFR2 amplification mutants / Signaling by FGFR2 fusions / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in hemopoiesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in positive regulation of cell proliferation in bone marrow / lateral sprouting from an epithelium / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in mammary gland specification / mammary gland bud formation / branch elongation involved in salivary gland morphogenesis / mesenchymal cell differentiation involved in lung development / bud outgrowth involved in lung branching / lacrimal gland development / type II pneumocyte differentiation / prostate gland morphogenesis / metanephros morphogenesis / otic vesicle formation / regulation of smooth muscle cell differentiation / lung epithelium development / regulation of morphogenesis of a branching structure / embryonic camera-type eye development / positive regulation of keratinocyte proliferation / orbitofrontal cortex development / positive regulation of lymphocyte proliferation / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / embryonic organ morphogenesis / branching morphogenesis of a nerve / endochondral bone growth / morphogenesis of embryonic epithelium / pituitary gland development / male genitalia morphogenesis / bud elongation involved in lung branching / epidermis morphogenesis / mesonephros development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / reproductive structure development / limb bud formation / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / membranous septum morphogenesis / gland morphogenesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / ventricular zone neuroblast division / embryonic digestive tract morphogenesis / mesenchymal cell differentiation / positive regulation of phospholipase activity / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / smooth muscle cell differentiation / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / FGFR2b ligand binding and activation / positive regulation of keratinocyte migration / fibroblast growth factor receptor binding / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / lung lobe morphogenesis / branching involved in prostate gland morphogenesis / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / tissue regeneration / regulation of osteoblast proliferation / FGFR1b ligand binding and activation / induction of positive chemotaxis / fibroblast growth factor receptor activity / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / branching involved in salivary gland morphogenesis / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / embryonic pattern specification / embryonic cranial skeleton morphogenesis / lung-associated mesenchyme development / pyramidal neuron development / positive regulation of ATP-dependent activity / metanephros development / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / outflow tract septum morphogenesis
類似検索 - 分子機能
HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Fibroblast growth factor receptor family / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Immunoglobulin domain ...HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Fibroblast growth factor receptor family / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 10 / Fibroblast growth factor receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yeh, B.K. / Igarashi, M. / Eliseenkova, A.V. / Plotnikov, A.N. / Sher, I. / Ron, D. / Aaronson, S.A. / Mohammadi, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Structural basis by which alternative splicing confers specificity in fibroblast growth factor receptors.
著者: Yeh, B.K. / Igarashi, M. / Eliseenkova, A.V. / Plotnikov, A.N. / Sher, I. / Ron, D. / Aaronson, S.A. / Mohammadi, M.
履歴
登録2003年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor-10
B: fibroblast growth factor receptor 2 isoform 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4935
ポリマ－42,7712
非ポリマー1,7223
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area16830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.930, 113.930, 164.852
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor-10 / FGF-10 / keratinocyte growth factor receptor / K-sam protein / protein tyrosine kinase / receptor ...FGF-10 / keratinocyte growth factor receptor / K-sam protein / protein tyrosine kinase / receptor like 14 / FGF receptor / bacteria-expressed kinase / fibroblast growth factor receptor BEK / tyrosylprotein kinase / hydroxyaryl-protein kinase


分子量: 16813.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGF10 / プラスミド: pET-9c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O15520
#2: タンパク質 fibroblast growth factor receptor 2 isoform 2


分子量: 25957.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P21802
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 400, ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
13 %PEG4001reservoir
22.0 Mammonium sulfate1reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5
47 mg/mlprotein1drop
525 mMHEPES1droppH7.5
6150 mM1dropNaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97880, 0.97933, 0.97169
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月15日
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97881
20.979331
30.971691
反射解像度: 2.9→25 Å / Num. all: 26231 / Num. obs: 15965 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.9→3.14 Å / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. obs: 14520 / Num. measured all: 279164 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.279

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 1477 9.3 %RANDOM
Rwork0.239 ---
all0.234 26231 --
obs0.232 14520 97.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.0623 Å2 / ksol: 0.290463 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å25.18 Å20 Å2
2---0.69 Å20 Å2
3---1.37 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.47 Å / Luzzati sigma a free: 0.64 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2673 0 29 25 2727
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.893
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.042.5
LS精密化 シェル最高解像度: 2.9 Å / Total num. of bins used: 6 /
反射数%反射
Rwork2422 -
Rfree-8.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION415P_PAR.TXT15P_TOP.TXT
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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