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- PDB-1nuj: THE LEADZYME STRUCTURE BOUND TO MG(H20)6(II) AT 1.8 A RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nuj
タイトルTHE LEADZYME STRUCTURE BOUND TO MG(H20)6(II) AT 1.8 A RESOLUTION
要素
  • 5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3'
  • 5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3'
キーワードRNA / RIBOZYME / LEADZYME / LEAD-DEPENDENT CLEAVAGE / MG(H20)62+ / BULGED NUCLEOTIDES / HYDRATED MAGNESIUM / PSEUDOHELICAL PACKING / STICKY ENDS / ALTERNATE CONFORMATION / HOMOPURINE BASE PAIRS
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / EXPAND TO P6(1) / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wedekind, J.E. / Mckay, D.B.
引用
ジャーナル: BIOCHEMISTRY / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the leadzyme at 1.8 A resolution: metal ion binding and the implications for catalytic mechanism and allo site ion regulation.
著者: Wedekind, J.E. / McKay, D.B.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF A LEAD DEPENDENT RIBOZYME REVEALING METAL BINDING SITES RELEVANT TO CATALYSIS
著者: Wedekind, J.E. / McKay, D.B.
履歴
登録2003年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3'
B: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3'
C: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3'
D: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3'
E: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3'
F: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3'
G: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3'
H: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,17418
ポリマ－30,9318
非ポリマー24310
水7,494416
1
A: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3'
B: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8065
ポリマ－7,7332
非ポリマー733
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3'
D: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7814
ポリマ－7,7332
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3'
F: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7814
ポリマ－7,7332
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3'
H: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8065
ポリマ－7,7332
非ポリマー733
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.100, 60.100, 133.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: RNA鎖
5'-R(*CP*GP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*G)-3'


分子量: 4194.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: This ribozyme was made by in vitro selection, reported by Pan & Uhlenbeck.
#2: RNA鎖
5'-R(*GP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*UP*CP*C)-3'


分子量: 3538.154 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: This ribozyme was made by in vitro selection, reported by Pan & Uhlenbeck.
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: MPD, Mg-Acetate, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2Mg-Acetate11
3cacodylate11
4MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
121-24 %(v/v)1reservoir
220 mM1reservoirMg(OAc)2
31 mMspermine-HCl1reservoir
450 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月4日
詳細: 16 pole wiggler, Flat mirror, Si(311) bent mono with horizontal focus
放射モノクロメーター: si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→34 Å / Num. obs: 25779 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Rsym value: 0.272 / % possible all: 87.4
反射
*PLUS
最低解像度: 34 Å / Num. obs: 25179 / Num. measured all: 286623 / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.272

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
XDISP/DENZOデータ削減
CNS精密化
DENZOデータ削減
XDISPデータスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: EXPAND TO P6(1)
開始モデル: NDB ENTRY UR0001

解像度: 1.8→29.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: G. Parkinson, J. Vojtechovsky, L. Clowney, A.T. Brunger, H.M. Berman
詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 2142 8.9 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.203 23965 95.2 %-
all-25173 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.4334 Å2 / ksol: 0.287285 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.43 Å2-0.87 Å20 Å2
2--4.43 Å20 Å2
3----8.86 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.37 Å / Luzzati sigma a free: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2072 10 416 2498
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d14
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.77
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 196 8.9 %
Rwork0.285 1997 -
obs--87.4 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 34 Å / % reflection Rfree: 8 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg14
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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