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万見
- PDB-1ntp: USE OF THE NEUTRON DIFFRACTION H/D EXCHANGE TECHNIQUE TO DETERMIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ntp
タイトルUSE OF THE NEUTRON DIFFRACTION H/D EXCHANGE TECHNIQUE TO DETERMINE THE CONFORMATIONAL DYNAMICS OF TRYPSIN
要素BETA-TRYPSIN
キーワードHYDROLASE (SERINE PROTEINASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHORYLISOPROPANE / Serine protease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法中性子回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kossiakoff, A.A.
引用
ジャーナル: Basic Life Sci. / 年: 1984
タイトル: Use of the neutron diffraction--H/D exchange technique to determine the conformational dynamics of trypsin
著者: Kossiakoff, A.A.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1982
タイトル: Protein Dynamics Investigated by the Neutron Diffraction-Hydrogen Exchange Technique
著者: Kossiakoff, A.A.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1981
タイトル: Direct Determination of the Protonation States of Aspartic Acid-102 and Histidine-57 in the Tetrahedral Intermediate of the Serine Proteases. Neutron Structure of Trypsin
著者: Kossiakoff, A.A. / Spencer, S.A.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1980
タイトル: Neutron Diffraction Identifies His 57 as the Catalytic Base in Trypsin
著者: Kossiakoff, A.A. / Spencer, S.A.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1979
タイトル: The Accuracy of Refined Protein Structures, Comparison of Two Independently Refined Models of Bovine Trypsin
著者: Chambers, J.L. / Stroud, R.M.
#5: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1977
タイトル: Difference-Fourier Refinement of the Structure of Dip-Trypsin at 1.5 Angstroms Using a Minicomputer Technique
著者: Chambers, J.L. / Stroud, R.M.
#6: ジャーナル: Proteases and Biological Control / 年: 1975
タイトル: Structure-Function Relationships in the Serine Proteases
著者: Stroud, R.M. / Krieger, M. / Koeppeii, R.E. / Kossiakoff, A.A. / Chambers, J.L.
#7: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1974
タイトル: Silver Ion Inhibition of Serine Proteases, Crystallographic Study of Silver-Trypsin
著者: Chambers, J.L. / Christoph, G.G. / Krieger, M. / Kay, L. / Stroud, R.M.
#8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974
タイトル: The Structure of Bovine Trypsin,Electron Density Maps of the Inhibited Enzyme at 5 Angstroms and at 2.7 Angstroms Resolution
著者: Stroud, R.M. / Kay, L.M. / Dickerson, R.E.
#9: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974
タイトル: Structure and Specific Binding of Trypsin, Comparison of Inhibited Derivatives and a Model for Substrate Binding
著者: Krieger, M. / Kay, L.M. / Stroud, R.M.
#10: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1972
タイトル: The Crystal and Molecular Structure of Dip-Inhibited Bovine Trypsin at 2.7 Angstroms Resolution
著者: Stroud, R.M. / Kay, L.M. / Dickerson, R.E.
履歴
登録1987年9月16日処理サイト: BNL
改定 1.01988年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-TRYPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4672
ポリマ－23,3271
非ポリマー1401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.840, 58.610, 67.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: SEE REMARK 4.
2: AN OCCUPANCY OF 0.0 INDICATES THAT NO SIGNIFICANT ELECTRON DENSITY WAS FOUND IN THE FINAL FOURIER MAP.

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要素

#1: タンパク質 BETA-TRYPSIN


分子量: 23327.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物 ChemComp-ISP / PHOSPHORYLISOPROPANE


分子量: 140.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O4P
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE ENZYME IS INHIBITED BY A MONOISOPROPYLPHOSPHORYL DERIVATIVE. THE REFINED STRUCTURE IN THIS ...THE ENZYME IS INHIBITED BY A MONOISOPROPYLPHOSPHORYL DERIVATIVE. THE REFINED STRUCTURE IN THIS REGION LOOKS VERY MUCH LIKE THAT EXPECTED FOR THE TETRAHEDRAL INTERMEDIATE IN THE REACTION SEQUENCE. THE NE2 OF HIS 57 IS HYDROGEN-BONDED TO O1A OF THE ISP GROUP, WHICH CORRESPONDS TO THE LEAVING GROUP NITROGEN OF A SPECIFIC SUBSTRATE.

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折

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データ収集

放射散乱光タイプ: neutron
放射波長相対比: 1

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解析

精密化Rfactor Rwork: 0.187 / 最高解像度: 1.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3216 0 14 0 3230
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
NEUTRON DIFFRACTIONo_bond_d0.013
NEUTRON DIFFRACTIONo_bond_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONo_bond_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONo_angle_d
NEUTRON DIFFRACTIONo_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONo_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONo_angle_deg2.3
NEUTRON DIFFRACTIONo_angle_deg_na
NEUTRON DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
NEUTRON DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
NEUTRON DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONo_improper_angle_d
NEUTRON DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
NEUTRON DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
NEUTRON DIFFRACTIONo_mcbond_it
NEUTRON DIFFRACTIONo_mcangle_it
NEUTRON DIFFRACTIONo_scbond_it
NEUTRON DIFFRACTIONo_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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