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- PDB-1ntk: Crystal Structure of Mitochondrial Cytochrome bc1 in Complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ntk
タイトルCrystal Structure of Mitochondrial Cytochrome bc1 in Complex with Antimycin A1
要素
  • (Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ...) x 7
  • Cytochrome b
  • UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT, MITOCHONDRIAL
  • Ubiquinol-cytochrome C reductase 8 kDa protein
  • cytochrome c1
キーワードOXIDOREDUCTASE / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / Respiratory electron transport / thalamus development / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity ...Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / Respiratory electron transport / thalamus development / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Mitochondrial protein degradation / hypothalamus development / midbrain development / ubiquinone binding / respiratory electron transport chain / hippocampus development / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #220 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #220 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ribbon / Helix Hairpins / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AY1 / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 ...Chem-AY1 / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gao, X. / Wen, X. / Esser, L. / Quinn, B. / Yu, L. / Yu, C.-A. / Xia, D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Structural basis for the quinone reduction in the bc(1) complex: a comparative analysis of crystal structures of mitochondrial cytochrome bc(1) with bound substrate and inhibitors at the Q(i) site
著者: Gao, X. / Wen, X. / Esser, L. / Quinn, B. / Yu, L. / Yu, C.-A. / Xia, D.
履歴
登録2003年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32016年3月16日Group: Non-polymer description
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999Authors informed that for residue 22 of chain K, a GLN fits better in the density map than a SER. ...Authors informed that for residue 22 of chain K, a GLN fits better in the density map than a SER. They do not know if this represents a natural mutation or variant.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial
B: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial
C: Cytochrome b
D: cytochrome c1
E: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT, MITOCHONDRIAL
F: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein
G: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C
H: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein
I: Ubiquinol-cytochrome C reductase 8 kDa protein
J: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein
K: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,75516
ポリマ－239,19511
非ポリマー2,5605
水6,161342
1
A: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial
B: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial
C: Cytochrome b
D: cytochrome c1
E: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT, MITOCHONDRIAL
F: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein
G: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C
H: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein
I: Ubiquinol-cytochrome C reductase 8 kDa protein
J: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein
K: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein
ヘテロ分子

A: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial
B: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial
C: Cytochrome b
D: cytochrome c1
E: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT, MITOCHONDRIAL
F: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein
G: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C
H: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein
I: Ubiquinol-cytochrome C reductase 8 kDa protein
J: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein
K: Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)483,51032
ポリマ－478,39022
非ポリマー5,12010
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
Buried area99010 Å2
ΔGint-651 kcal/mol
Surface area165650 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)153.785, 153.785, 592.498
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
詳細The biological assembly is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the two-fold axis: -x+1, -y+1, z.

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要素

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Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ... , 7種, 7分子 ABFGHJK

#1: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial


分子量: 49266.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P31800, quinol-cytochrome-c reductase
#2: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial / Complex III subunit II


分子量: 46575.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P23004, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein / Complex III subunit VI


分子量: 13371.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00129, quinol-cytochrome-c reductase
#7: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 9.5 kDa protein / Complex III subunit VII


分子量: 9606.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13271, quinol-cytochrome-c reductase
#8: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein / Mitochondrial hinge protein / cytochrome C1 / nonheme 11 kDa protein / Complex III subunit VIII


分子量: 9189.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00126, quinol-cytochrome-c reductase
#10: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein / Cytochrome C1 / nonheme 7 kDa protein / Complex III subunit X


分子量: 7209.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00130, quinol-cytochrome-c reductase
#11: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein / Complex III subunit XI


分子量: 6568.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07552, quinol-cytochrome-c reductase

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タンパク質 , 4種, 4分子 CDEI

#3: タンパク質 Cytochrome b


分子量: 42620.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00157
#4: タンパク質 cytochrome c1


分子量: 27323.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00125
#5: タンパク質 UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT, MITOCHONDRIAL / Rieske iron-sulfur protein / RISP


分子量: 21640.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase
#9: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase 8 kDa protein / Complex III subunit IX


分子量: 5824.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase

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非ポリマー , 4種, 347分子

#12: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#13: 化合物 ChemComp-AY1 / [(2R,3S,6S,7R,8R)-3-[(3-formamido-2-oxidanyl-phenyl)carbonylamino]-8-hexyl-2,6-dimethyl-4,9-bis(oxidanylidene)-1,5-dioxonan-7-yl] 2-methylpropanoate / アンチマイシンA2a


分子量: 534.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H38N2O9
#14: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2
詳細: PEG 4000, ammonium acetate, potassium chloride, glycerol, DMG/SPC, MOPS, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
250 mMMOPS1reservoirpH7.2
320 mMammonium acetate1reservoir
420 %(w/v)glycerol1reservoir
50.1 %decanoyl-N-methylglucamide1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 109171 / Num. obs: 107555 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1
反射 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / % possible all: 95.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 50 Å / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.3 % / Rmerge(I) obs: 0.524 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.6→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 15.904 / SU ML: 0.306 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.44 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27049 3224 3 %RANDOM
Rwork0.23307 ---
all0.23421 107555 --
obs0.23421 104312 98.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.172 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.24 Å20 Å20 Å2
2--1.24 Å20 Å2
3----2.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16605 0 171 342 17118
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02117588
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8021.98223826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.54732097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg20.815152969
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.260.22608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213047
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2560.39158
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.51196
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2370.3101
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2410.518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.951.510504
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.769216889
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.97737084
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8474.56935
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.489 239
Rwork0.464 7233
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8458-0.13170.39591.7077-0.94982.04720.08370.01850.079-0.11290.06420.70320.128-0.7454-0.1480.4539-0.1160.08050.5893-0.00690.813431.796887.120293.4967
20.2938-0.0987-0.06181.4644-0.20170.71490.0442-0.15070.15710.3573-0.03270.31-0.1783-0.3091-0.01140.5403-0.11630.1760.3233-0.020.498248.65293.3117115.0683
30.825-0.4367-0.22161.80420.122.37850.1061-0.02160.1474-0.036-0.00720.1655-0.3967-0.1217-0.09880.3688-0.11020.01110.03310.00530.337468.7124104.179392.1055
40.7826-0.5739-0.00512.70120.04241.69850.01840.0527-0.0686-0.17660.020.51930.084-0.2959-0.03840.3557-0.1079-0.07450.13240.01450.439357.102586.531373.9852
51.07660.28670.57910.7660.56622.73920.013-0.31930.11910.3785-0.0218-0.006-0.1714-0.14270.00880.9468-0.27190.10530.48780.02180.480263.910769.5154152.7401
62.4138-2.2514-0.81442.80121.9959-0.22260.3002-0.5489-0.72370.4354-0.31060.0544-0.37910.09630.01041.509-0.2229-0.07880.93940.21780.64281.038556.823172.6254
70.9941-0.11341.16761.1508-0.76044.83470.091-0.5354-0.0850.56610.011-0.159-0.0134-0.0559-0.10190.9326-0.32570.1040.52580.12090.559663.190245.9996152.7552
80000000000000000.6437000.643700.6437000
90.4939-0.46930.25850.22250.02354.3872-0.0408-0.42390.07580.42470.12930.0495-0.204-0.6887-0.08851.0943-0.28480.26840.75310.01390.575945.817872.0186159.9303
101.31250.55780.4743.43010.71962.19580.0222-0.4625-0.16070.92360.041-0.02860.1398-0.0617-0.06321.6288-0.23050.25531.44220.13450.693354.28367.2418193.1325
111.86210.16861.2911.03541.1143.80040.0509-0.52780.15510.4042-0.19510.289-0.1743-0.940.14410.9122-0.23480.3380.53140.00890.653843.123781.8561141.8616
123.9179-0.51671.078-0.8899-0.59214.3197-0.459-1.30630.33871.12590.2513-0.5187-0.62-0.65840.20772.8176-0.19020.08731.9579-0.37451.408773.3372112.8209188.7543
133.8014-0.9552-1.69551.4170.16211.8103-0.0607-0.2822-0.33890.24580.00590.20780.487-0.27130.05480.69-0.28790.06490.26190.03860.384258.787646.9683122.4786
140.55260.01160.08641.4922-1.10962.64490.035-0.5448-0.17440.54180.09960.2183-0.0525-0.4326-0.13460.8102-0.28590.18050.67340.11730.594848.269753.4649146.5655
157.2659-4.901-0.22837.1746.60313.2392-0.3944-0.6216-0.56020.95070.3070.81850.1633-0.18670.08741.9169-0.35580.4171.63210.60471.083736.726145.1569197.4681
16-0.50080.8010.3180.9632-1.58951.15490.411-0.09780.13730.0607-0.9631-0.49360.009-0.12780.55211.6134-0.40390.41691.46160.28031.054139.811650.4281186.4808
170000000000000000.6437000.643700.6437000
181.9403-0.088-1.13442.10370.9866-0.1885-0.0246-0.5498-0.02110.6475-0.00710.2588-0.0881-0.70950.03171.2163-0.17870.39031.0601-0.13220.81938.552389.0294161.2891
191.04851.0041-2.7044.066-5.871316.2680.3071-0.66590.19430.67050.00710.3763-0.8296-0.1977-0.31421.1164-0.11740.14040.6687-0.22940.704652.1423104.3129148.0676
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 2311 - 231
3X-RAY DIFFRACTION2AA232 - 446232 - 446
5X-RAY DIFFRACTION3BB17 - 23517 - 235
7X-RAY DIFFRACTION4BB236 - 439236 - 439
9X-RAY DIFFRACTION5CC2 - 1332 - 133
10X-RAY DIFFRACTION5CC173 - 264173 - 264
11X-RAY DIFFRACTION5CL - M381 - 3821
14X-RAY DIFFRACTION6CC134 - 172134 - 172
15X-RAY DIFFRACTION7CC265 - 379265 - 379
16X-RAY DIFFRACTION7CN3831
18X-RAY DIFFRACTION9DD173 - 241173 - 241
20X-RAY DIFFRACTION10DD1 - 1721 - 172
21X-RAY DIFFRACTION10DO2421
22X-RAY DIFFRACTION11EE1 - 711 - 71
24X-RAY DIFFRACTION12EE72 - 19672 - 196
25X-RAY DIFFRACTION13FF6 - 1106 - 110
27X-RAY DIFFRACTION14GG1 - 791 - 79
29X-RAY DIFFRACTION15HH3 - 523 - 52
30X-RAY DIFFRACTION16HH53 - 7853 - 78
32X-RAY DIFFRACTION17HH49 - 7849 - 78
33X-RAY DIFFRACTION18JJ2 - 612 - 61
35X-RAY DIFFRACTION19KK1 - 531 - 53
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.272 / Rfactor Rwork: 0.234
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.851
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.49 / Rfactor Rwork: 0.47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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