+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nqy | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The structure of a CoA pyrophosphatase from D. Radiodurans | ||||||
要素 | CoA pyrophosphatase (MutT/nudix family protein) | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Nudix / pyrophosphatase / Dr1184 / CoA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 coenzyme A diphosphatase activity / coenzyme A catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Deinococcus radiodurans (放射線耐性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.09 Å | ||||||
データ登録者 | Kang, L.W. / Gabelli, S.B. / Bianchet, M.A. / Xu, W.L. / Bessman, M.J. / Amzel, L.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2003 タイトル: Structure of a coenzyme A pyrophosphatase from Deinococcus radiodurans: a member of the Nudix family. 著者: Kang, L.W. / Gabelli, S.B. / Bianchet, M.A. / Xu, W.L. / Bessman, M.J. / Amzel, L.M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nqy.cif.gz | 45.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1nqy.ent.gz | 32.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nqy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/1nqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/1nqy | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21273.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 遺伝子: Dr1184 / プラスミド: pET24a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RV46, nucleotide diphosphatase |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.62 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG1500, MES buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.009 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.009 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→30 Å / Num. obs: 10529 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 161533 / Rmerge(I) obs: 0.061 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.3 % / Mean I/σ(I) obs: 8 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.09→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→30 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.2 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.295 / Rfactor Rwork: 0.248 |