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- PDB-1nq3: Crystal structure of the mammalian tumor associated antigen UK114 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nq3
タイトルCrystal structure of the mammalian tumor associated antigen UK114
要素14.3 kDa perchloric acid soluble protein
キーワードImmune system / metal binding protein / tumor associated antigen / YER057c/YIL051c/YjgF protein family / UK114 / trimer
機能・相同性
機能・相同性情報


2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate deaminase activity / 2-iminopropanoate deaminase activity / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / lipid metabolic process / peroxisome / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation ...2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate deaminase activity / 2-iminopropanoate deaminase activity / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / lipid metabolic process / peroxisome / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation / mitochondrial matrix / mRNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RidA family / RutC-like / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Capra hircus (ヤギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Deriu, D. / Briand, C. / Mistiniene, E. / Naktinis, V. / Grutter, M.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structure and oligomeric state of the mammalian tumour-associated antigen UK114.
著者: Deriu, D. / Briand, C. / Mistiniene, E. / Naktinis, V. / Grutter, M.G.
履歴
登録2003年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14.3 kDa perchloric acid soluble protein
B: 14.3 kDa perchloric acid soluble protein
C: 14.3 kDa perchloric acid soluble protein
D: 14.3 kDa perchloric acid soluble protein
E: 14.3 kDa perchloric acid soluble protein
F: 14.3 kDa perchloric acid soluble protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0696
ポリマ－85,0696
非ポリマー00
水4,666259
1
A: 14.3 kDa perchloric acid soluble protein
B: 14.3 kDa perchloric acid soluble protein
C: 14.3 kDa perchloric acid soluble protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5343
ポリマ－42,5343
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6940 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area15180 Å2
手法PISA
2
D: 14.3 kDa perchloric acid soluble protein
E: 14.3 kDa perchloric acid soluble protein
F: 14.3 kDa perchloric acid soluble protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5343
ポリマ－42,5343
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6900 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area15260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.035, 77.998, 192.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
14.3 kDa perchloric acid soluble protein / UK114 TUMOR ASSOCIATED ANTIGEN


分子量: 14178.159 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Capra hircus (ヤギ) / プラスミド: pT7a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K802 / 参照: UniProt: P80601
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 8000, potassium phosphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
111 mg/mlprotein1drop
222 %(w/v)PEG80001reservoir
350 mMpotassium phosphate1reservoirpH5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.006 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年6月19日
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.006 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 39643 / Num. obs: 39547 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 27.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 20.14
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 4.45 / Num. unique all: 3812 / % possible all: 96
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QD9 (serine model)

1qd9


解像度: 2.2→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2255 1981 5 %RANDOM
Rwork0.1875 ---
all-39643 --
obs-39547 --
原子変位パラメータBiso mean: 27.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.339 Å20 Å20 Å2
2--1.822 Å20 Å2
3----0.483 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.299 Å0.238 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2802 Å0.1933 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5859 0 0 259 6118
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.182
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2.2-2.220.29480.252X-RAY DIFFRACTION1011
2.22-2.240.29500.252X-RAY DIFFRACTION954
2.24-2.260.29470.252X-RAY DIFFRACTION993
2.26-2.280.29530.252X-RAY DIFFRACTION997
2.28-2.30.29480.252X-RAY DIFFRACTION1017
2.3-2.330.29540.252X-RAY DIFFRACTION1011
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.226 / Rfactor Rwork: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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