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- PDB-1npp: CRYSTAL STRUCTURE OF AQUIFEX AEOLICUS NUSG IN P2(1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1npp
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AQUIFEX AEOLICUS NUSG IN P2(1)
要素Transcription antitermination protein nusG
キーワードTRANSCRIPTION / RNAP transcription factor / NusG
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription elongation-coupled chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-utilization substance G protein NusG, insert domain / NusG, domain 2 / NusG, domain 2 superfamily / NusG domain II / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, domain 2 / NusG, N-terminal domain / : / Transcription antitermination protein, NusG / Transcription antitermination protein, NusG, bacteria, conserved site / Transcription termination factor nusG signature. ...N-utilization substance G protein NusG, insert domain / NusG, domain 2 / NusG, domain 2 superfamily / NusG domain II / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, domain 2 / NusG, N-terminal domain / : / Transcription antitermination protein, NusG / Transcription antitermination protein, NusG, bacteria, conserved site / Transcription termination factor nusG signature. / SH3 type barrels. - #30 / NusG-like / Transcription termination factor nusG / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / SH3 type barrels. / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Translation protein SH3-like domain superfamily / KOW motif / KOW / Ribosomal protein L2, domain 2 / Roll / Alpha-Beta Plaits / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Transcription termination/antitermination protein NusG
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Knowlton, J.R. / Bubunenko, M. / Andrykovitch, M. / Guo, W. / Routzahn, K.M. / Waugh, D.S. / Court, D.L. / Ji, X.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: A Spring-Loaded State of NusG in Its Functional Cycle Is Suggested by X-ray Crystallography and Supported by Site-Directed Mutants
著者: Knowlton, J.R. / Bubunenko, M. / Andrykovitch, M. / Guo, W. / Routzahn, K.M. / Waugh, D.S. / Court, D.L. / Ji, X.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structures of transcription factor NusG in light of its nucleic acid-and protein-binding activities
著者: Steiner, T. / Kaiser, J.T. / Marinkovic, S. / Huber, R. / Wahl, M.C.
履歴
登録2003年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2 / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription antitermination protein nusG
B: Transcription antitermination protein nusG
C: Transcription antitermination protein nusG
D: Transcription antitermination protein nusG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,2876
ポリマ－112,1674
非ポリマー1202
水15,457858
1
A: Transcription antitermination protein nusG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0421
ポリマ－28,0421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcription antitermination protein nusG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0421
ポリマ－28,0421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Transcription antitermination protein nusG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0421
ポリマ－28,0421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Transcription antitermination protein nusG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1623
ポリマ－28,0421
非ポリマー1202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
A: Transcription antitermination protein nusG
B: Transcription antitermination protein nusG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0832
ポリマ－56,0832
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area27150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.07, 55.86, 112.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Transcription antitermination protein nusG


分子量: 28041.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: NUSG OR AQ_1931 / プラスミド: pKM702 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O67757
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 858 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000 Hepes Glycerol Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Andrykovitch, M., (2002) Acta Crystallogr., D58, 2157.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
130 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1droppH8.0
3200 mM1dropNaCl
42 mMEDTA1drop
510 mMdithiothreitol1drop
60.085 Msodium HEPES1reservoirpH7.5
715 %glycerol1reservoir
811 %2-propanol1reservoir
920 %PEG40001reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X9B11.00188
シンクロトロンNSLS X9B20.97884, 0.97925, 0.96364
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2000年11月9日mirrors
ADSC QUANTUM 42CCD2000年11月9日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double flat crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double flat crystalMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.001881
20.978841
30.979251
40.963641
反射解像度: 1.92→36.02 Å / Num. all: 79949 / Num. obs: 79549 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 27.7 Å2 / Limit h max: 45 / Limit h min: -45 / Limit k max: 29 / Limit k min: -45 / Limit l max: 58 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 236915.13 / Observed criterion F min: 0.32 / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル解像度: 1.92→1.96 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.585 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 2850 / % possible all: 58.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.11 % / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.07 Å / % possible obs: 92.2 % / Rmerge(I) obs: 0.538 / Mean I/σ(I) obs: 1.88

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 2877 5.1 %random
Rwork0.219 ---
all0.28 73535 --
obs0.259 55951 76.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 55.73 Å2 / ksol: 0.342579 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 118.51 Å2 / Biso mean: 45.34 Å2 / Biso min: 0 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.62 Å20 Å21.29 Å2
2--17.45 Å20 Å2
3----11.83 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.23 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.34 Å
Luzzati d res high-2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7620 0 0 866 8486
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.13
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2-2.090.2772042.20.27739300.0199121413445.3
2.09-2.20.2632903.20.26447010.0159149499154.6
2.2-2.340.2363083.40.23755860.0139161589464.3
2.34-2.520.22936440.22863090.0129142667373
2.52-2.770.1993724.10.19971410.019165751382
2.77-3.170.2024244.60.20279750.019190839991.4
3.17-3.990.1944514.90.19685740.0099256902597.5
3.99-19.980.1984644.90.19788580.0099415932299
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 72021 / Num. reflection Rfree: 5485 / Rfactor Rfree: 0.278 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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