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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1npr | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF AQUIFEX AEOLICUS NUSG IN C222(1) | ||||||
![]() | Transcription antitermination protein nusG | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() transcription elongation-coupled chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Knowlton, J.R. / Bubunenko, M. / Andrykovitch, M. / Guo, W. / Routzhan, K.M. / Waugh, D.S. / Court, D.L. / Ji, X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Spring-Loaded State of NusG in Its Functional Cycle Is Suggested by X-ray Crystallography and Supported by Site-Directed Mutants 著者: Knowlton, J.R. / Bubunenko, M. / Andrykovitch, M. / Guo, W. / Routzhan, K.M. / Waugh, D.S. / Court, D.L. / Ji, X. #1: ![]() タイトル: Crystal structures of transcription factor NusG in light of its nucleic acid-and protein-binding activities 著者: Steiner, T. / Kaiser, J.T. / Marinkovic, S. / Huber, R. / Wahl, M.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28041.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 4000 Hepes Glycerol Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Andrykovitch, M., (2002) Acta Crystallogr., D58, 2157. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2000年10月15日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.21→29.19 Å / Num. all: 17608 / Num. obs: 16961 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 45.2 Å2 / Limit h max: 29 / Limit h min: 0 / Limit k max: 56 / Limit k min: 0 / Limit l max: 36 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 836060.11 / Observed criterion F min: 0.32 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 30 |
反射 シェル | 解像度: 2.21→2.26 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 719 / Rsym value: 0.456 / % possible all: 85.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.22 Å / 最低解像度: 35 Å / 冗長度: 4.11 % |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.22 Å / % possible obs: 85.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.87 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB Entry 1NPP 解像度: 2.21→29.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 61.3083 Å2 / ksol: 0.333095 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 133.8 Å2 / Biso mean: 62.97 Å2 / Biso min: 25.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.21→29.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.22 Å / 最低解像度: 35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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