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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1noz | ||||||
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タイトル | T4 DNA POLYMERASE FRAGMENT (RESIDUES 1-388) AT 110K | ||||||
要素 | DNA POLYMERASE | ||||||
キーワード | NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / EXONUCLEASE / DNA-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity ...bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, J. / Yu, P. / Lin, T.C. / Konigsberg, W.H. / Steitz, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Crystal structures of an NH2-terminal fragment of T4 DNA polymerase and its complexes with single-stranded DNA and with divalent metal ions. 著者: Wang, J. / Yu, P. / Lin, T.C. / Konigsberg, W.H. / Steitz, T.A. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994 タイトル: Isolation, Characterization, and Kinetic Properties of Truncated Forms of T4 DNA Polymerase that Exhibit 3'-5' Exonuclease Activity 著者: Lin, T.C. / Karam, G. / Konigsberg, W.H. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988 タイトル: Primary Structure of T4 DNA Polymerase. Evolutionary Relatedness to Eucaryotic and Other Procaryotic DNA Polymerases 著者: Spicer, E.K. / Rush, J. / Fung, C. / Reha-Krantz, L.J. / Karam, J.D. / Konigsberg, W.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1noz.cif.gz | 145.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1noz.ent.gz | 121.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1noz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1noz_validation.pdf.gz | 405.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1noz_full_validation.pdf.gz | 439.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1noz_validation.xml.gz | 19.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1noz_validation.cif.gz | 28.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/1noz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/1noz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45315.727 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1 - 388 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04415, DNA-directed DNA polymerase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年10月7日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | % possible obs: 100 % |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.096 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→6 Å / σ(F): 2 詳細: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED AT LN2 TEMPERATURE (110K). THE DIVALENT AND P(DT)3 WERE DETERMINED FROM TWO SEPARATE EXPERIMENTS AT LOWER RESOLUTIONS, CONCATENATED TOGETHER IN THIS ENTRY. ASP ...詳細: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED AT LN2 TEMPERATURE (110K). THE DIVALENT AND P(DT)3 WERE DETERMINED FROM TWO SEPARATE EXPERIMENTS AT LOWER RESOLUTIONS, CONCATENATED TOGETHER IN THIS ENTRY. ASP 1, GLU 2, ILE 211 AND FOUR OTHER RESIDUES WERE IDENTIFIED FROM ELECTRON DENSITY MAPS, BUT THE AUTHORS HAVE NOT DONE DNA SEQUENCING TO CONFIRM POSSIBLE SPONTANEOUSLY MUTATIONS. ILE 211 WAS REPLACED BY THR 211 IN THIS ENTRY WITHOUT ADDITIONAL REFINEMENT BY REMOVING ATOM CD1.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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