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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1noc | ||||||
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タイトル | MURINE INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE DOMAIN (DELTA 114) COMPLEXED WITH TYPE I E. COLI CHLORAMPHENICOL ACETYL TRANSFERASE AND IMIDAZOLE | ||||||
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![]() | COMPLEX (OXIDOREDUCTASE/TRANSFERASE) / NITRIC OXIDE / L-ARGININE MONOOXYGENASE / HEME / IMIDAZOLE / NOS / NO / CAT / COMPLEX (OXIDOREDUCTASE-TRANSFERASE) / COMPLEX (OXIDOREDUCTASE-TRANSFERASE) complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() chloramphenicol O-acetyltransferase activity / chloramphenicol O-acetyltransferase / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / prostaglandin secretion / positive regulation of killing of cells of another organism / tetrahydrobiopterin binding ...chloramphenicol O-acetyltransferase activity / chloramphenicol O-acetyltransferase / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / prostaglandin secretion / positive regulation of killing of cells of another organism / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cortical cytoskeleton / superoxide metabolic process / cGMP-mediated signaling / nitric-oxide synthase binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / cellular response to cytokine stimulus / regulation of insulin secretion / cellular response to organic cyclic compound / nitric-oxide synthase (NADPH) / blood vessel remodeling / nitric oxide mediated signal transduction / response to tumor necrosis factor / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / response to hormone / positive regulation of interleukin-8 production / response to bacterium / Hsp90 protein binding / negative regulation of protein catabolic process / beta-catenin binding / regulation of blood pressure / cellular response to type II interferon / circadian rhythm / peroxisome / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to xenobiotic stimulus / FMN binding / NADP binding / actin binding / regulation of cell population proliferation / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to lipopolysaccharide / response to lipopolysaccharide / calmodulin binding / response to hypoxia / intracellular signal transduction / defense response to bacterium / cadherin binding / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of gene expression / response to antibiotic / heme binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of nitric oxide synthase oxygenase domain and inhibitor complexes. 著者: Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Gachhui, R. / Wu, C. / Ghosh, D.K. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. #1: ![]() タイトル: Characterization of the Inducible Nitric Oxide Synthase Oxygenase Domain Identifies a 49 Amino Acid Segment Required for Subunit Dimerization and Tetrahydrobiopterin Interaction 著者: Ghosh, D.K. / Wu, C. / Pitters, E. / Moloney, M. / Werner, E.R. / Mayer, B. / Stuehr, D.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 138.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 105.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 491.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 502.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45139.184 Da / 分子数: 1 / 断片: OXYGENASE DOMAIN 115-498 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 25692.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P62577, chloramphenicol O-acetyltransferase | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | TWO IMIDAZOLE MOLECULES BIND IN THE INOS ACTIVE CENTER: IMI 901 BINDS THE HEME IRON, WHEREAS IMI ...TWO IMIDAZOLE MOLECULES BIND IN THE INOS ACTIVE CENTER: IMI 901 BINDS THE HEME IRON, WHEREAS IMI 902 HYDROGEN-BONDS TO GLU 371. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 32117 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 30.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 92 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.059 / Num. measured all: 226448 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 0.31 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 66.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 6 Å / Luzzati sigma a obs: 0.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→2.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / Total num. of bins used: 8
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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