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- PDB-1no8: SOLUTION STRUCTURE OF THE NUCLEAR FACTOR ALY RBD DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1no8
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE NUCLEAR FACTOR ALY RBD DOMAIN
要素ALY
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RBD / ALY / REF1-I / BEF / mRNA EXPORT FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA 3'-end processing / RNA Polymerase II Transcription Termination / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mRNA Splicing - Major Pathway / transcription export complex / C5-methylcytidine-containing RNA reader activity / RNA folding chaperone ...mRNA 3'-end processing / RNA Polymerase II Transcription Termination / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mRNA Splicing - Major Pathway / transcription export complex / C5-methylcytidine-containing RNA reader activity / RNA folding chaperone / RNA export from nucleus / mRNA export from nucleus / catalytic step 2 spliceosome / RNA splicing / mRNA processing / single-stranded DNA binding / molecular adaptor activity / nuclear speck / mRNA binding / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chromatin target of PRMT1 protein, C-terminal / C-terminal duplication domain of Friend of PRMT1 / C-terminal duplication domain of Friend of PRMT1 / : / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily ...Chromatin target of PRMT1 protein, C-terminal / C-terminal duplication domain of Friend of PRMT1 / C-terminal duplication domain of Friend of PRMT1 / : / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THO complex subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing torsion angle dynamics molecular dynamics
データ登録者Perez-Alvarado, G.C. / Martinez-Yamout, M. / Allen, M.M. / Grosschedl, R. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Structure of the Nuclear Factor ALY: Insights into Post-Transcriptional Regulatory and mRNA Nuclear Export Processes
著者: Perez-Alvarado, G.C. / Martinez-Yamout, M. / Allen, M.M. / Grosschedl, R. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
履歴
登録2003年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650HELIX Author determined the helix structure.
Remark 700SHEET Author determined the sheet records.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5091
ポリマ－11,5091
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)32 / 92Structures with the lowest energy and lowest constraint energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 ALY


分子量: 11508.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: ALY / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O08583

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1233D 13C-HMQC-NOESY
1323D 15n/13C-NOESY-HSQC
142HNCA, HNCO, HN(CA)CB
152CBCA(CO)NH, C(CO)NH-TOCSY, HC(CO)NH-TOCSY
161HNHA
173(H)CCH-COSY, CCH-COSY, (H)CCH-TOCSY
181HNHB
1912D TOCSY
11023D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using restraints derived from a combination of NOESY spectra and triple resonance spectra.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5mM ALY77-182-15N; 20mM Tris-HCl-d8, 100mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5mM ALY77-182-15N, 13C; 20mM Tris-HCl-d8, 100mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5mM ALY77-182-15N, 13C; 20mM Tris-HCl-d8, 100mM NaCl; 100% D2O100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100mM NaCl 6.5ambient 296 K
2100mM NaCl 6.5ambient 289 K
3100mM NaCl 5.9ambient 296 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002
Bruker AMXBrukerAMX5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.1Brukercollection
NMRPipe1.8, 2.1Delaglio, F., Grzesiek, S., Vuister, G.W., Guang, Z., Pfeifer, J. and Bax, A.解析
NMRDraw1.8, 2.1Delaglio, F., Grzesiek, S., Vuister, G.W., Guang, Z., Pfeifer, J. and Bax, A.解析
NMRView3Johnson, B.A. and Blevins, R.A.データ解析
DYANA1.5Gunter, P., Mumenthaler, C. and Wuthrich, K.構造決定
Amber6, 7Case, D.A., Pearlman, D.A., Caldwell, J.W., Cheatham III, T.E., Wang, J., Ross, W.S.,Simmerling, C., Darden, T., Merz, K.M., Stanton, R.V., Cheng, A., Vincent, J.J., Crowley, M., Tsui, V., Gohlke, H., Radmer, R., et al. and Kollman, P.A.精密化
精密化手法: simulated annealing torsion angle dynamics molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. RESIDUES 77-104 ARE HIGHLY DISORDERED AND DO NOT PRESENT A DEFINED STRUCTURE IN SOLUTION. RESIDUES 77-104 ARE NOT INCLUDED IN THIS ENTRY.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Structures with the lowest energy and lowest constraint energy
計算したコンフォーマーの数: 92 / 登録したコンフォーマーの数: 32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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