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- PDB-1no7: Structure of the Large Protease Resistant Upper Domain of VP5, th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1no7
タイトルStructure of the Large Protease Resistant Upper Domain of VP5, the Major Capsid Protein of Herpes Simplex Virus-1
要素Major capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / novel fold / alpha plus beta / viral capsid protein / folding nucleus
機能・相同性T=16 icosahedral viral capsid / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein / host cell nucleus / structural molecule activity / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Bowman, B.R. / Baker, M.L. / Rixon, F.J. / Chiu, W. / Quiocho, F.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Structure of the herpesvirus major capsid protein
著者: Bowman, B.R. / Baker, M.L. / Rixon, F.J. / Chiu, W. / Quiocho, F.A.
履歴
登録2003年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,3402
ポリマ－130,3402
非ポリマー00
水00
1
A: Major capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1701
ポリマ－65,1701
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Major capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1701
ポリマ－65,1701
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.072, 99.072, 454.684
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Major capsid protein / Capsid protein VP5


分子量: 65169.766 Da / 分子数: 2 / 断片: VP5 upper domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
属: Simplexvirus / 遺伝子: UL19 / プラスミド: pET32 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P06491

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: sodium acetate, imidazole, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
1250 mM1dropNaCl
210 mMTris1droppH8.0
310 mMdithiothreitol1drop
420 mg/mlprotein1drop
50.8-1 Msodium acetate1reservoir
6100 mMimidizole1reservoirpH6.0-6.8

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-BM10.97885
シンクロトロンAPS 19-ID20.95679
検出器
タイプID検出器日付
CUSTOM-MADE1CCD2000年12月21日
CUSTOM-MADE2CCD2001年1月1日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978851
20.956791
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 47194 / % possible obs: 91.2 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル最高解像度: 2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 80.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 308549 / Rmerge(I) obs: 0.101
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.4 % / Rmerge(I) obs: 0.205

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→47.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 408294 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 4747 10.1 %RANDOM
Rwork0.255 ---
obs0.255 47193 91.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.194 Å2 / ksol: 0.291374 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 62.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.67 Å20 Å20 Å2
2--13.67 Å20 Å2
3----27.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.47 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.11 Å1.02 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8179 0 0 0 8179
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.28
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it11.471.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it17.82
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it19.362
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it26.042.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 674 9.8 %
Rwork0.415 6204 -
obs--81.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.254
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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