PDB-1nnv: The Solution structure of HI1450

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1nnv

タイトル

The Solution structure of HI1450

要素

Hypothetical protein HI1450

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / HYPOTHETICAL PROTEIN / Structure 2 Function Project / S2F / Structural Genomics

機能・相同性

dsDNA mimic, putative / dsDNA mimic, putative / Putative dsDNA mimic superfamily / Protein of unknown function, DUF440 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / Putative double-stranded DNA mimic protein HI_1450

機能・相同性情報

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

溶液NMR

データ登録者

Parsons, L.M. / Orban, J. / Structure 2 Function Project (S2F)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Solution structure of the highly acidic protein HI1450 from Haemophilus influenzae, a putative double-stranded DNA mimic.
著者: Parsons, L.M. / Yeh, D.C. / Orban, J.

履歴

登録	2003年1月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1nnv.cif.gz	666 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1nnv.ent.gz	557.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1nnv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1nnv_validation.pdf.gz	342.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1nnv_full_validation.pdf.gz	522.3 KB	表示
XML形式データ	1nnv_validation.xml.gz	43.5 KB	表示
CIF形式データ	1nnv_validation.cif.gz	67.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/1nnv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/1nnv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7kzw-d 3rms-2 4gqv-d 3uiz-5 3v43-d 4mz3-1 2mb9-d 1c0c-d 1i5n-2 2zez-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: HI1450

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein HI1450

12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 65	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #4	closest to the average

#1: タンパク質	Hypothetical protein HI1450 分子量: 12817.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: HI1450 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P44199

#1: タンパク質

Hypothetical protein HI1450

分子量: 12817.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: HI1450 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P44199

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	2	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	2D NOESY
1	4	1	HNHA

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	50mM phosphate, 100mM NaCl,90% H20, 10% D20	90% H2O/10% D2O
2	50mM phosphate, 100mM NaCl	99% D2O

試料状態

イオン強度: 50mM phosphate, 100mM NaCl / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.1	Brunger et al.	構造決定
NMRPipe	5.0.3	Bruce A. Johnson	解析
Sparky	3.106	T. D. Goddard and D. G. Kneller	データ解析
NOEID	1	L. Parsons & J. Orban	データ解析
CNS	1.1	Brunger et al.	精密化

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 65 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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