PDB-1nns: L-asparaginase of E. coli in C2 space group and 1.95 A resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1nns

タイトル

L-asparaginase of E. coli in C2 space group and 1.95 A resolution

要素

L-asparaginase II

キーワード

HYDROLASE / L-asparaginase / amidrohydrolase / crystallographic comparison

機能・相同性

機能・相同性情報

asparagine catabolic process / asparaginase / asparaginase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / protein homotetramerization / periplasmic space / protein-containing complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Sanches, M. / Barbosa, J.A.R.G. / de Oliveira, R.T. / Neto, J.A.A. / Polikarpov, I.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structural comparison of Escherichia coli L-asparaginase in two monoclinic space groups.
著者: Sanches, M. / Barbosa, J.A.R.G. / de Oliveira, R.T. / Abrahao Neto, J. / Polikarpov, I.

履歴

登録	2003年1月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年7月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.4	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1nns.cif.gz	138.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1nns.ent.gz	108.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1nns.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1nns_validation.pdf.gz	455.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1nns_full_validation.pdf.gz	467.7 KB	表示
XML形式データ	1nns_validation.xml.gz	28.8 KB	表示
CIF形式データ	1nns_validation.cif.gz	41.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/1nns ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/1nns	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ecaS 1agx 1hfj 1wsa 3pga S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6v28-1 6pac-2 6v2b-2 6uoh-1 4eca-d 6v24-d 6v28-2 6v26-2 6v2c-d 5k3o-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-asparaginase II

B: L-asparaginase II

ヘテロ分子

69.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-asparaginase II

B: L-asparaginase II

ヘテロ分子

A: L-asparaginase II

B: L-asparaginase II

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
139 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.296, 134.617, 64.867
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.51, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 2 - 325 / Label seq-ID: 2 - 325

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

詳細

The biological assemble is a tetramer generated from de dimer in the asymmetric unit by the operation: -x,y,-z

#1: タンパク質	L-asparaginase II / L-asparagine amidohydrolase II 分子量: 34626.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00805, asparaginase
#2: 化合物	ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.05 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 3350, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

結晶化

*PLUS

pH: 6

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	20 mg/ml	protein	1	drop
2	30 %	MPD	1	reservoir
3	4 %	PEG3350	1	reservoir
4	0.1 M	MES	1	reservoir	pH6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.38 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE 詳細: cyllindrical mirror and triangular bent single crystal monochromator.
放射	モノクロメーター: triangular bent single crystal monochromator. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.38 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→13 Å / Num. obs: 40782 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.55 % / R_merge(I) obs: 0.047
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / R_merge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 2.4
反射	PLUS 最低解像度: 13 Å / Num. measured all*: 63394
反射シェル	PLUS % possible obs*: 93.2 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.1.09	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ECA

3eca

解像度: 1.95→12.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 2.906 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17125	2045	5 %	RANDOM
R_work	0.12969	-	-	-
obs	0.13176	38737	91.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→12.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4862	0	18	329	5209

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.027	0.022	4954
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.097	1.954	6746
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.796	5	650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.327	26.078	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.165	15	806
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.248	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.203	0.2	810
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3720
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	1943
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.291	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.368	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.059	1.5	3240
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.87	2	5236
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.328	3	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.536	4.5	1510
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2410 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	tight positional	0.2	0.05
2	tight thermal	0.33	0.5

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.197	159
R_work	0.168	2839

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1277	-0.0802	0.2239	0.5832	-0.1831	0.7097	0.0488	0.1818	-0.2761	-0.1416	0.0254	0.0489	0.2165	-0.0632	-0.0742	0.1304	-0.0102	-0.0409	0.1036	-0.0671	0.1459	21.305	-15.651	16.421
2	1.0011	0.0956	0.016	0.7304	0.0051	0.8036	0.0681	-0.139	0.0395	0.1082	-0.011	0.1035	-0.1138	-0.1283	-0.0571	0.0635	0.0166	0.0481	0.1007	-0.002	0.0387	16.094	15.641	40.921

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 326	1 - 326
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 326	1 - 326

精密化

*PLUS

最低解像度: 13 Å / R_factor R_free: 0.174 / R_factor R_work: 0.134

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d	0.032

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)