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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nnf | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of Haemophlius Influenzae Ferric-ion Binding Protein H9Q Mutant Form | ||||||
![]() | Iron-utilization periplasmic protein | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / IRON-BINDING PROTEIN / EDTA-FE-PROTEIN COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() transmembrane transport / iron ion transport / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shouldice, S.R. / Dougan, D.R. / Skene, R.J. / Tari, L.W. / McRee, D.E. / Yu, R.-H. / Schryvers, A.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High Resolution Structure of an Alternate Form of the Ferric ion Binding Protein from Haemophilus influenzae 著者: Shouldice, S.R. / Dougan, D.R. / Skene, R.J. / Tari, L.W. / McRee, D.E. / Yu, R.-H. / Schryvers, A.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 142.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 109.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 862.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 865.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1d9vS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33759.230 Da / 分子数: 1 / 変異: H9Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: HITA / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 化合物 | ChemComp-EDT / {[-( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.77 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: PEG 5000, Tris HCl, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→105.41 Å / Num. obs: 89423 |
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.14 Å / Rsym value: 0.199 / % possible all: 36.1 |
反射 | *PLUS % possible obs: 86.2 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.044 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 36.1 % / Rmerge(I) obs: 0.199 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1D9V 解像度: 1.1→105.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 0.428 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.042 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→105.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.1→1.127 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.1582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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