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- PDB-1nmp: Structural genomics, ybgI protein, unknown function -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nmp
タイトルStructural genomics, ybgI protein, unknown function
要素Hypothetical protein ybgI
キーワードstructural genomics / unknown function / ybgI / hypothetical protein / toroidal structure / Structure 2 Function Project / S2F
機能・相同性
機能・相同性情報


cell pole / protein hexamerization / response to ionizing radiation / DNA repair / metal ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DUF34/NIF3 / Duf34/NIF3 (NGG1p interacting factor 3) / DUF34/NIF3 superfamily / NIF3 (NGG1p interacting factor 3)-like / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GTP cyclohydrolase 1 type 2 homolog / GTP cyclohydrolase 1 type 2 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ladner, J.E. / Obmolova, G. / Teplyakov, A. / Khil, P.P. / Camerini-Otero, R.D. / Gilliland, G.L. / Structure 2 Function Project (S2F)
引用ジャーナル: BMC Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of Escherichia coli Protein ybgI, a toroidal structure with a dinuclear metal site
著者: Ladner, J.E. / Obmolova, G. / Teplyakov, A. / Howard, A.J. / Khil, P.P. / Camerini-Otero, R.D. / Gilliland, G.L.
履歴
登録2003年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 600HETEROGEN THE IDENTIFICATION OF THE METAL ION IN THE ACTIVE SITE IS NOT KNOWN. HERE IT IS MODELED AS MG+2.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein ybgI
B: Hypothetical protein ybgI
C: Hypothetical protein ybgI
D: Hypothetical protein ybgI
E: Hypothetical protein ybgI
F: Hypothetical protein ybgI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,78417
ポリマ－161,5166
非ポリマー26711
水10,377576
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Hypothetical protein ybgI
F: Hypothetical protein ybgI
ヘテロ分子

E: Hypothetical protein ybgI
F: Hypothetical protein ybgI
ヘテロ分子

E: Hypothetical protein ybgI
F: Hypothetical protein ybgI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,80818
ポリマ－161,5166
非ポリマー29212
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area14010 Å2
ΔGint-185 kcal/mol
Surface area55870 Å2
手法PISA, PQS
3
A: Hypothetical protein ybgI
B: Hypothetical protein ybgI
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein ybgI
B: Hypothetical protein ybgI
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein ybgI
B: Hypothetical protein ybgI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,73515
ポリマ－161,5166
非ポリマー2199
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
手法PQS
4
C: Hypothetical protein ybgI
D: Hypothetical protein ybgI
ヘテロ分子

C: Hypothetical protein ybgI
D: Hypothetical protein ybgI
ヘテロ分子

C: Hypothetical protein ybgI
D: Hypothetical protein ybgI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,80818
ポリマ－161,5166
非ポリマー29212
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)156.730, 156.730, 57.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
詳細The biological assembly is a hexamer generated by the application of the symmetry operations: -y, x-y, Z and y-x, -x, z. If applied to the entire asymmetric unit, these operations will generate 3 toroids (3 biological assemblies). If applied to any of the dimers, AB, CD or EF, these operations will produce one biological assembly.

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein ybgI


分子量: 26919.400 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli, Escherichia coli O157:H7
属: Escherichia, Escherichia / 生物種: , Escherichia coli / 株: , O157:H7 / 遺伝子: YBGI OR B0710 OR Z0861 OR ECS0735 / プラスミド: pDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: P75743, UniProt: P0AFP6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M cacodylate buffer pH 7.5, 0.1M magnesium acetate, 15% (w/v) polyethylene glycol 8000, 5% (v/v) polyethylene glycol 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.1 Mcacodylate1reservoirpH7.5
20.1 Mmagnesium acetate1reservoir
315 %(w/v)PEG80001reservoir
45 %(v/v)PEG4001reservoir
54.7 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 80094 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 4.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 14.1
反射
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Num. measured all: 303926
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.237 / Mean I/σ(I) obs: 2.8

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
d*TREKデータ削減
CNS精密化
d*TREKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SeMet structure

解像度: 2.2→19.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 199707.79 / Data cutoff high rms absF: 199707.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 4000 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.212 80007 95.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.9411 Å2 / ksol: 0.352375 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 13.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.19 Å22.53 Å20 Å2
2--2.19 Å20 Å2
3----4.39 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.32 Å / Luzzati sigma a free: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11382 0 11 576 11969
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.071.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.582.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6 /
Rfactor%反射
Rfree0.274 5.1 %
Rwork0.242 -
obs-91.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.252 / Rfactor Rwork: 0.213
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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