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- PDB-1nmn: Structure of yqgF from Escherichia coli, a hypothetical protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nmn
タイトルStructure of yqgF from Escherichia coli, a hypothetical protein
要素Hypothetical protein yqgF
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / yqgF / Structure 2 Function Project / S2F
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA 5'-end processing / 3'-5'-DNA exonuclease activity / transcription antitermination / ribosome biogenesis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA damage response / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Putative pre-16S rRNA nuclease / Holliday junction resolvase / YqgF/RNase H-like domain / YqgF/RNase H-like domain / Likely ribonuclease with RNase H fold. / YqgF/RNase H-like domain superfamily / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative pre-16S rRNA nuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Galkin, A. / Sarikaya, E. / Krajewski, W. / Howard, A. / Herzberg, O. / Structure 2 Function Project (S2F)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: The Crystal Structure and Biochemical Analyses of Escherichia coli YqgF Illuminate Its Diverse Functions.
著者: Thakur, M. / Dhyani, K.M. / Galkin, A. / Krajewski, W.W. / Yavasani, S. / Demirkan, E. / Howard, A. / Herzberg, O. / Muniyappa, K.
履歴
登録2003年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42025年6月18日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein yqgF
B: Hypothetical protein yqgF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4112
ポリマ－30,4112
非ポリマー00
水2,936163
1
A: Hypothetical protein yqgF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2051
ポリマ－15,2051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical protein yqgF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2051
ポリマ－15,2051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.500, 61.700, 68.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein yqgF


分子量: 15205.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: YQGF / プラスミド: pYQGF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: P0A8I1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.8 M sodium malonate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月7日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal system / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 11857 / Num. obs: 11857 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.071 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
CNS1精密化
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.3→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 791 -random
Rwork0.196 ---
all-11837 --
obs-11736 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1842 0 0 163 2005
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.9
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.272 81
Rwork0.217 -
obs-1052

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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