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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nma | |||||||||
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タイトル | N9 NEURAMINIDASE COMPLEXES WITH ANTIBODIES NC41 AND NC10: EMPIRICAL FREE-ENERGY CALCULATIONS CAPTURE SPECIFICITY TRENDS OBSERVED WITH MUTANT BINDING DATA | |||||||||
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![]() | COMPLEX (HYDROLASE/IMMUNOGLOBULIN) / COMPLEX (HYDROLASE-IMMUNOGLOBULIN) / COMPLEX (HYDROLASE-IMMUNOGLOBULIN) complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Tulip, W.R. / Varghese, J.N. / Colman, P.M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: N9 neuraminidase complexes with antibodies NC41 and NC10: empirical free energy calculations capture specificity trends observed with mutant binding data. 著者: Tulip, W.R. / Harley, V.R. / Webster, R.G. / Novotny, J. #1: ![]() タイトル: Refined Crystal Structures of the Influenza Virus N9 Neuraminidase-Nc41 Fab Complex 著者: Tulip, W.R. / Varghese, J.N. / Laver, W.G. / Webster, R.G. / Colman, P.M. #2: ![]() タイトル: Three Dimensional Structures of Influenza Virus Neuraminidase-Antibody Complexes 著者: Colman, P.M. / Tulip, W.R. / Varghese, J.N. / Tulloch, P.A. / Baker, A.T. / Laver, W.G. / Air, G.M. / Webster, R.G. #3: ![]() タイトル: Crystal Structures of Neuraminidase-Antibody Complexes 著者: Tulip, W.R. / Varghese, J.N. / Webster, R.G. / Air, G.M. / Laver, W.G. / Colman, P.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 118.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: GLY N 248 - PRO N 249 OMEGA = 214.51 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: CIS PROLINE - PRO N 326 3: ARG N 327 - PRO N 328 OMEGA = 146.03 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 4: CIS PROLINE - PRO N 431 / 5: CIS PROLINE - PRO L 95 | ||||||||
詳細 | THE COORDINATES OF THE CARBOHYDRATE 200A - 200F DO NOT REQUIRE TRANSFORMATION TO APPEAR AS PART OF THE EPITOPE. THIS CARBOHYDRATE IS COVALENTLY ATTACHED TO THE NEURAMINIDASE SUBUNIT WHICH IS NEIGHBORING TO THE ONE IN THIS FILE. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43640.535 Da / 分子数: 1 / 変異: WILD TYPE / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 属: Influenzavirus A / 参照: UniProt: P05803, exo-alpha-sialidase |
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#2: 抗体 | 分子量: 12129.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM MONOCLONAL MURINE ANTIBODY / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: 抗体 | 分子量: 13424.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM MONOCLONAL MURINE ANTIBODY / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#5: 糖 | ChemComp-NAG / |
構成要素の詳細 | NEURAMINIDASE RESIDUES 458 - 468 ARE INCORRECT, ALL BEING ONE RESIDUE OUT OF REGISTER. THEY ARE NOT ...NEURAMINID |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.09 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.2 / Rfactor obs: 0.2 / 最高解像度: 3 Å 詳細: NO SOLVENT ATOMS AND NO CALCIUM ATOM. THE REFERENCE STRUCTURE FOR THE CALCIUM ATOM IS THE N9 MUTANT S370L (PDB ENTRY 2NN9). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |