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- PDB-1nma: N9 NEURAMINIDASE COMPLEXES WITH ANTIBODIES NC41 AND NC10: EMPIRIC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nma
タイトルN9 NEURAMINIDASE COMPLEXES WITH ANTIBODIES NC41 AND NC10: EMPIRICAL FREE-ENERGY CALCULATIONS CAPTURE SPECIFICITY TRENDS OBSERVED WITH MUTANT BINDING DATA
要素
  • (FAB NC10) x 2
  • N9 NEURAMINIDASE
キーワードCOMPLEX (HYDROLASE/IMMUNOGLOBULIN) / COMPLEX (HYDROLASE-IMMUNOGLOBULIN) / COMPLEX (HYDROLASE-IMMUNOGLOBULIN) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Tulip, W.R. / Varghese, J.N. / Colman, P.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: N9 neuraminidase complexes with antibodies NC41 and NC10: empirical free energy calculations capture specificity trends observed with mutant binding data.
著者: Tulip, W.R. / Harley, V.R. / Webster, R.G. / Novotny, J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Refined Crystal Structures of the Influenza Virus N9 Neuraminidase-Nc41 Fab Complex
著者: Tulip, W.R. / Varghese, J.N. / Laver, W.G. / Webster, R.G. / Colman, P.M.
#2: ジャーナル: Philos.Trans.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1989
タイトル: Three Dimensional Structures of Influenza Virus Neuraminidase-Antibody Complexes
著者: Colman, P.M. / Tulip, W.R. / Varghese, J.N. / Tulloch, P.A. / Baker, A.T. / Laver, W.G. / Air, G.M. / Webster, R.G.
#3: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystal Structures of Neuraminidase-Antibody Complexes
著者: Tulip, W.R. / Varghese, J.N. / Webster, R.G. / Air, G.M. / Laver, W.G. / Colman, P.M.
履歴
登録1994年5月6日処理サイト: BNL
改定 1.01995年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
N: N9 NEURAMINIDASE
L: FAB NC10
H: FAB NC10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4895
ポリマ－69,1953
非ポリマー1,2942
水00
1
N: N9 NEURAMINIDASE
L: FAB NC10
H: FAB NC10
ヘテロ分子

N: N9 NEURAMINIDASE
L: FAB NC10
H: FAB NC10
ヘテロ分子

N: N9 NEURAMINIDASE
L: FAB NC10
H: FAB NC10
ヘテロ分子

N: N9 NEURAMINIDASE
L: FAB NC10
H: FAB NC10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,95520
ポリマ－276,77812
非ポリマー5,1778
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)171.500, 171.500, 160.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Atom site foot note1: GLY N 248 - PRO N 249 OMEGA = 214.51 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: CIS PROLINE - PRO N 326
3: ARG N 327 - PRO N 328 OMEGA = 146.03 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
4: CIS PROLINE - PRO N 431 / 5: CIS PROLINE - PRO L 95
詳細THE COORDINATES OF THE CARBOHYDRATE 200A - 200F DO NOT REQUIRE TRANSFORMATION TO APPEAR AS PART OF THE EPITOPE. THIS CARBOHYDRATE IS COVALENTLY ATTACHED TO THE NEURAMINIDASE SUBUNIT WHICH IS NEIGHBORING TO THE ONE IN THIS FILE.

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要素

#1: タンパク質 N9 NEURAMINIDASE


分子量: 43640.535 Da / 分子数: 1 / 変異: WILD TYPE / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus A / 参照: UniProt: P05803, exo-alpha-sialidase
#2: 抗体 FAB NC10


分子量: 12129.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM MONOCLONAL MURINE ANTIBODY / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 501094
#3: 抗体 FAB NC10


分子量: 13424.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM MONOCLONAL MURINE ANTIBODY / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 501094
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
構成要素の詳細NEURAMINIDASE RESIDUES 458 - 468 ARE INCORRECT, ALL BEING ONE RESIDUE OUT OF REGISTER. THEY ARE NOT ...NEURAMINIDASE RESIDUES 458 - 468 ARE INCORRECT, ALL BEING ONE RESIDUE OUT OF REGISTER. THEY ARE NOT PART OF ANTIBODY BINDING SITE.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.09 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.2 / Rfactor obs: 0.2 / 最高解像度: 3 Å
詳細: NO SOLVENT ATOMS AND NO CALCIUM ATOM. THE REFERENCE STRUCTURE FOR THE CALCIUM ATOM IS THE N9 MUTANT S370L (PDB ENTRY 2NN9).
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4777 0 86 0 4863
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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