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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nlq
タイトルThe crystal structure of Drosophila NLP-core provides insight into pentamer formation and histone binding
要素Nucleoplasmin-like protein
キーワードCHAPERONE / LIGAND BINDING / dNLP / Nucleoplasmin / histone binding
機能・相同性
機能・相同性情報


TFAP2A acts as a transcriptional repressor during retinoic acid induced cell differentiation / sperm DNA decondensation / SUMOylation of transcription cofactors / histone binding / chromatin remodeling / chromatin binding / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoplasmin core domain / Nucleoplasmin core domain / Nucleoplasmin core domain superfamily / Nucleoplasmin/nucleophosmin domain / Nucleoplasmin family / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoplasmin-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Namboodiri, V.M.H. / Dutta, S. / Akey, I.V. / Head, J.F. / Akey, C.W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: The crystal structure of Drosophila NLP-core Provides Insight into Pentamer Formation and Histone Binding
著者: Namboodiri, V.M.H. / Dutta, S. / Akey, I.V. / Head, J.F. / Akey, C.W.
履歴
登録2003年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoplasmin-like protein
B: Nucleoplasmin-like protein
C: Nucleoplasmin-like protein
D: Nucleoplasmin-like protein
E: Nucleoplasmin-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9017
ポリマ－59,8525
非ポリマー492
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8650 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area18480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.608, 60.089, 73.426
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a pentamer

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要素

#1: タンパク質
Nucleoplasmin-like protein / dNLP / Chromatin decondensation protein 1


分子量: 11970.385 Da / 分子数: 5 / 断片: N-Terminal core / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: NLP OR CRP1 OR CG7917 / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q27415
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.05 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 400, sodium chloride, magnesium chloride, tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.0K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein1drop
230-33 %PEG4001reservoir
320 mM1reservoirMgCl2

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X8C10.9795
シンクロトロンNSLS X8C20.919997, 0.916998, 0.919781
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月23日 / 詳細: mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SAGITALLY FOCUSED Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SAGITALLY FOCUSED Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.9199971
30.9169981
40.9197811
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 80828 / Num. obs: 80828 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.029 / Net I/σ(I): 39.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique all: 437 / Rsym value: 0.253 / % possible all: 94.5
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / Num. measured all: 478081 / Rmerge(I) obs: 0.03
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→31.15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 6207 -Random
Rwork0.234 ---
all0.237 80330 --
obs-76420 87.4 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.25 Å2-1.36 Å20.12 Å2
2--0 Å2-0.09 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→31.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3787 0 2 358 4147
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 --
Rwork0.314 --
obs-10924 89.6 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.55 Å / 最低解像度: 100 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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