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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nlk | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MYXOCOCCUS XANTHUS NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE AND ITS INTERACTION WITH A NUCLEOTIDE SUBSTRATE AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE | ||||||
キーワード | PHOSPHOTRANSFERASE(PO4 AS ACCEPTOR) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Myxococcus xanthus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Williams, R.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Crystal structure of Myxococcus xanthus nucleoside diphosphate kinase and its interaction with a nucleotide substrate at 2.0 A resolution. 著者: Williams, R.L. / Oren, D.A. / Munoz-Dorado, J. / Inouye, S. / Inouye, M. / Arnold, E. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Nucleoside 著者: Willaims, R.L. / Munoz-Dorado, J. / Jacobo-Molina, A. / Inouye, S. / Inouye, M. / Arnold, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nlk.cif.gz | 68.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nlk.ent.gz | 52.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nlk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1nlk_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1nlk_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1nlk_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1nlk_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/1nlk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/1nlk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.0047, -0.9876, 0.157), ベクター: 詳細 | THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN L WHEN APPLIED TO CHAIN R. | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16025.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (バクテリア) / 参照: UniProt: P15266, nucleoside-diphosphate kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.94 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. obs: 21660 / Rmerge(I) obs: 0.072 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→6 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 21660 / Rfactor all: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.69 |