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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nku | ||||||
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タイトル | NMR Solution Structure of Zinc-binding protein 3-methyladenine DNA glycosylase I (TAG) | ||||||
![]() | 3-Methyladenine Dna Glycosylase I (TAG) | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA-3-methyladenine glycosylase I / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / base-excision repair / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
![]() | Kwon, K. / Cao, C. / Stivers, J.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Novel Zinc Snap Motif Conveys Structural Stability to 3-Methyladenine DNA Glycosylase I 著者: Kwon, K. / Cao, C. / Stivers, J.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21138.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 0.5-1mM 3-methyladenine DNA glycosylase I (TAG), 10mM phosphate buffer, pH 6.6, 100mM NaCl, 3mM DTT, 0.34 mM NaN3 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | pH: 6.6 / 圧: ambient / 温度: 293 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25 |