+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nk3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | VND/NK-2 HOMEODOMAIN/DNA COMPLEX, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / HOMEODOMAIN / HOMEOBOX / DNA-BINDING PROTEIN / EMBRYONIC DEVELOPMENT / COMPLEX (HOMEODOMAIN-DNA) / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neuroblast development / neuroblast fate determination / glial cell development / brain development / DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II ...neuroblast development / neuroblast fate determination / glial cell development / brain development / DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING | ||||||
データ登録者 | Gruschus, J.M. / Tsao, D.H.H. / Wang, L.-H. / Nirenberg, M. / Ferretti, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Interactions of the vnd/NK-2 homeodomain with DNA by nuclear magnetic resonance spectroscopy: basis of binding specificity. 著者: Gruschus, J.M. / Tsao, D.H. / Wang, L.H. / Nirenberg, M. / Ferretti, J.A. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Interactions of the Vnd/Nk-2 Homeodomain with DNA by Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy: Basis of Binding Specificity 著者: Gruschus, J.M. / Tsao, D.H. / Wang, L.H. / Nirenberg, M. / Ferretti, J.A. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: The Three-Dimensional Solution Structure of the Nk-2 Homeodomain from Drosophila 著者: Tsao, D.H. / Gruschus, J.M. / Wang, L.H. / Nirenberg, M. / Ferretti, J.A. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Elongation of Helix III of the Nk-2 Homeodomain Upon Binding to DNA: A Secondary Structure Study by NMR 著者: Tsao, D.H. / Gruschus, J.M. / Wang, L.H. / Nirenberg, M. / Ferretti, J.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nk3.cif.gz | 63.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1nk3.ent.gz | 44.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nk3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1nk3_validation.pdf.gz | 251.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1nk3_full_validation.pdf.gz | 251.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1nk3_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1nk3_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/1nk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/1nk3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4960.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
---|---|
#2: DNA鎖 | 分子量: 4836.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: タンパク質 | 分子量: 9374.741 Da / 分子数: 1 / Fragment: HOMEODOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: POTENTIAL / 器官: FRUIT / プラスミド: PET11D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22808 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
| ||||||||||||||||||||||||||||
NMR実験の詳細 | Text: THIS MODEL IS THE AVERAGE STRUCTURE OF THE ENSEMBLE OF 20 STRUCTURES (1NK2). THE UNSTRUCTURED N-TERMINAL AND C-TERMINAL AMINO ACIDS (P 101-P 107 AND P 171-P 177 IN PDB ENTRY 1NK2) WERE REMOVED ...Text: THIS MODEL IS THE AVERAGE STRUCTURE OF THE ENSEMBLE OF 20 STRUCTURES (1NK2). THE UNSTRUCTURED N-TERMINAL AND C-TERMINAL AMINO ACIDS (P 101-P 107 AND P 171-P 177 IN PDB ENTRY 1NK2) WERE REMOVED PRIOR TO MINIMIZATION OF THE AVERAGE STRUCTURE BY THE MD_SCHE DULE PROGRAM OF INSIGHTII/NMR REFINE, SUBJECT TO ALL EXPERIMENTAL RESTRAINTS FOR THE DNA AND REMAINING PROTEIN RESIDUES. THE REMAINING PROTEIN RESIDUES ARE RENUMBERED STARTING WITH P 100 SO THAT THE RESIDUE NUMBERING FOLLOWS THE STANDARD, CANONICAL NUMBER ING SCHEME FOR HOMEODOMAINS. |
-試料調製
詳細 | 内容: H2O |
---|---|
試料状態 | イオン強度: 60mM / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX600 / 磁場強度: 600 MHz |
---|
-解析
NMR software |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1 / 詳細: NMR REFINE/INSIGHT II 97 | |||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |