+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nk0 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | ADENINE-GUANINE MISMATCH AT THE POLYMERASE ACTIVE SITE | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | TRANSFERASE/DNA / DNA POLYMERASE I / DNA REPLICATION / KLENOW FRAGMENT / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA MISMATCH / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Johnson, S.J. / Beese, L.S. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of mismatch replication errors observed in a DNA polymerase. 著者: Johnson, S.J. / Beese, L.S. #1: ![]() タイトル: Processive DNA synthesis observed in a polymerase crystal suggests a mechanism for the prevention of frameshift mutations. 著者: Johnson, S.J. / Taylor, J.S. / Beese, L.S. #2: ![]() タイトル: Visualizing DNA Replication in a Catalytically Active Bacillus DNA Polymerase Crystal 著者: Kiefer, J.R. / Mao, C. / Braman, J.C. / Beese, L.S. #3: ![]() タイトル: Crystal Structure of a Thermostable Bacillus DNA Polymerase I Large Fragment at 2.1 A Resolution 著者: Kiefer, J.R. / Mao, C. / Hansen, C.J. / Basehore, S.L. / Hogrefe, H.H. / Braman, J.C. / Beese, L.S. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 163.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 119.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 863.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 869.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1njwC ![]() 1njxC ![]() 1njyC ![]() 1njzC ![]() 1nk4C ![]() 1nk5C ![]() 1nk6C ![]() 1nk7C ![]() 1nk8C ![]() 1nk9C ![]() 1nkbC ![]() 1nkcC ![]() 1nkeC ![]() 2bdpS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | Exists as a monomer. One molecule per asymmetric unit. |
-
要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 BC
#1: DNA鎖 | 分子量: 3367.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
---|---|
#2: DNA鎖 | 分子量: 4600.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#3: タンパク質 | 分子量: 66172.844 Da / 分子数: 1 Fragment: BACILLUS FRAGMENT (ANALOGOUS TO THE E. COLI KLENOW FRAGMENT) 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PET-30A(+) / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#4: 多糖 | beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose |
-非ポリマー , 3種, 663分子 ![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-MES / | ||
---|---|---|---|
#6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
構成要素の詳細 | THE POLYMERASE-DNA COMPLEX ADOPTS A DISTORTED OPEN CONFORMATION WITH AN ADENINE-GUANINE MISMATCH ...THE POLYMERASE |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.17 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: AMMONIUM SULFATE, MAGNESIUM SULFATE, MPD, MES, pH 5.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Johnson, S.J., (2003) Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 100, 3895. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月13日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: Si CRYSTALS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 | 波長: 1.0001 Å / 相対比: 1 | |||||||||
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 94629 / Num. obs: 94629 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 15.3 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 20.2 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 8835 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 92.9 | |||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 292563 / Rmerge(I) obs: 0.047 | |||||||||
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.26 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2BDP 解像度: 1.7→28.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2153708.32 / Data cutoff high rms absF: 2153708.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: THE BACILLUS POLYMERASE WAS CO- CRYSTALLIZED WITH A DNA CONTAINING AN 11 BASE PAIR DUPLEX AND A 4 BASE 5' TEMPLATE OVERHANG. THE LAST THREE BASES IN THE OVERHANG ARE DISORDERED AND ARE NOT ...詳細: THE BACILLUS POLYMERASE WAS CO- CRYSTALLIZED WITH A DNA CONTAINING AN 11 BASE PAIR DUPLEX AND A 4 BASE 5' TEMPLATE OVERHANG. THE LAST THREE BASES IN THE OVERHANG ARE DISORDERED AND ARE NOT INCLUDED IN THE MODEL. AN ADENINE-GUANINE MISMATCH IS LOCATED AT THE 3' PRIMER TERMINUS OF THE DNA DUPLEX. ELECTRON DENSITY WAS OBSERVED FOR ALL PROTEIN SIDE CHAINS EXCEPT LYSINE 298, WHICH WAS MODELLED TO THE BETA CARBON.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.3887 Å2 / ksol: 0.378445 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.8 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→28.32 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 10
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.213 / Rfactor Rwork: 0.193 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.247 / Rfactor Rwork: 0.246 |