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万見
- PDB-1nip: CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF THE NITROGENASE IRON PROTEIN FROM A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nip
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF THE NITROGENASE IRON PROTEIN FROM AZOTOBACTER VINELANDII
要素NITROGENASE IRON PROTEIN
キーワードIRON PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogenase / : / nitrogenase activity / nitrogen fixation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase iron protein NifH / NifH/frxC family / NifH/chlL conserved site / 4Fe-4S iron sulfur cluster binding proteins, NifH/frxC family / NifH/frxC family signature 2. / NifH/frxC family signature 1. / NIFH_FRXC family profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...Nitrogenase iron protein NifH / NifH/frxC family / NifH/chlL conserved site / 4Fe-4S iron sulfur cluster binding proteins, NifH/frxC family / NifH/frxC family signature 2. / NifH/frxC family signature 1. / NIFH_FRXC family profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / IRON/SULFUR CLUSTER / Nitrogenase iron protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Komiya, H. / Georgiadis, M.M. / Chakrabarti, P. / Woo, D. / Kornuc, J.J. / Rees, D.C.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1992
タイトル: Crystallographic structure of the nitrogenase iron protein from Azotobacter vinelandii.
著者: Georgiadis, M.M. / Komiya, H. / Chakrabarti, P. / Woo, D. / Kornuc, J.J. / Rees, D.C.
#1: ジャーナル: Nitrogen Fixation: Achievements and Objectives
年: 1990
タイトル: Crystal Structure of the Nitrogenase Iron Protein from Azotobacter Vinelandii
著者: Georgiadis, M.M. / Chakrabarti, P. / Rees, D.C.
履歴
登録1992年9月29日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITROGENASE IRON PROTEIN
B: NITROGENASE IRON PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6626
ポリマ－62,8342
非ポリマー8274
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area22070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.800, 92.900, 63.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 NITROGENASE IRON PROTEIN


分子量: 31417.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
参照: UniProt: P00459
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化
*PLUS
pH: 8.3 / 手法: batch method / 詳細: the ratio of 1 and 2 is 2:1
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130 %PEG400011
20.20 M11Na2MoO4
3100 mMTris-HCl11
450 mMTris-HCl12
52 mM12Na2S2O4
60.45 M12NaCl

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.9→8 Å / Rfactor obs: 0.183 / σ(F): 0
詳細: THERE ARE NO RELIABLE POSITIONS FROM A 284 TO A 289 AND FROM B 288 TO B 289. THE ADP COORDINATES ARE NOT AS RELIABLE AS OTHER ATOMS DUE TO THE LOW OCCUPANCY. ITS TEMPERATURE FACTOR AND ...詳細: THERE ARE NO RELIABLE POSITIONS FROM A 284 TO A 289 AND FROM B 288 TO B 289. THE ADP COORDINATES ARE NOT AS RELIABLE AS OTHER ATOMS DUE TO THE LOW OCCUPANCY. ITS TEMPERATURE FACTOR AND OCCUPANCY WERE FIXED TO 29.0 AND 0.5, RESPECTIVELY, DURING REFINEMENT.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4110 0 45 9 4164
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.231
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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