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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nip | ||||||
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タイトル | CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF THE NITROGENASE IRON PROTEIN FROM AZOTOBACTER VINELANDII | ||||||
![]() | NITROGENASE IRON PROTEIN | ||||||
![]() | IRON PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitrogenase / : / nitrogenase activity / nitrogen fixation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Komiya, H. / Georgiadis, M.M. / Chakrabarti, P. / Woo, D. / Kornuc, J.J. / Rees, D.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic structure of the nitrogenase iron protein from Azotobacter vinelandii. 著者: Georgiadis, M.M. / Komiya, H. / Chakrabarti, P. / Woo, D. / Kornuc, J.J. / Rees, D.C. #1: ![]() 年: 1990 タイトル: Crystal Structure of the Nitrogenase Iron Protein from Azotobacter Vinelandii 著者: Georgiadis, M.M. / Chakrabarti, P. / Rees, D.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 119.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31417.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 参照: UniProt: P00459 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SF4 / | #4: 化合物 | ChemComp-ADP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 8.3 / 手法: batch method / 詳細: the ratio of 1 and 2 is 2:1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.9→8 Å / Rfactor obs: 0.183 / σ(F): 0 詳細: THERE ARE NO RELIABLE POSITIONS FROM A 284 TO A 289 AND FROM B 288 TO B 289. THE ADP COORDINATES ARE NOT AS RELIABLE AS OTHER ATOMS DUE TO THE LOW OCCUPANCY. ITS TEMPERATURE FACTOR AND ...詳細: THERE ARE NO RELIABLE POSITIONS FROM A 284 TO A 289 AND FROM B 288 TO B 289. THE ADP COORDINATES ARE NOT AS RELIABLE AS OTHER ATOMS DUE TO THE LOW OCCUPANCY. ITS TEMPERATURE FACTOR AND OCCUPANCY WERE FIXED TO 29.0 AND 0.5, RESPECTIVELY, DURING REFINEMENT. | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→8 Å
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拘束条件 |
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拘束条件 | *PLUS
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