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万見
- PDB-1nij: YJIA PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nij
タイトルYJIA PROTEIN
要素Hypothetical protein yjiA
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / P-LOOP PROTEIN / GTP BINDING / Structure 2 Function Project / S2F
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GTPase activity / DNA damage response / GTP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hypothetical Protein Yjia; Chain: A;domain 2 / CobW-like, C-terminal domain / Cobalamin synthesis protein cobW C-terminal domain / Cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW-like, C-terminal / CobW-like, C-terminal domain superfamily / Cobalamin synthesis protein cobW C-terminal domain / CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain / CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Hypothetical Protein Yjia; Chain: A;domain 2 / CobW-like, C-terminal domain / Cobalamin synthesis protein cobW C-terminal domain / Cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobW-like, C-terminal / CobW-like, C-terminal domain superfamily / Cobalamin synthesis protein cobW C-terminal domain / CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain / CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc chaperone YjiA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Khil, P.P. / Obmolova, G. / Teplyakov, A. / Howard, A.J. / Gilliland, G.L. / Camerini-Otero, R.D. / Structure 2 Function Project (S2F)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the Escherichia coli YjiA protein suggests a GTP-dependent regulatory function.
著者: Khil, P.P. / Obmolova, G. / Teplyakov, A. / Howard, A.J. / Gilliland, G.L. / Camerini-Otero, R.D.
履歴
登録2002年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein yjiA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6971
ポリマ－35,6971
非ポリマー00
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.830, 66.520, 56.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Monomer in solution (gel filtration)

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein yjiA


分子量: 35696.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: YJIA OR B4352 / プラスミド: pDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: P24203
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1M Lithium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.1 MHEPES1reservoirpH7.5
21 Mlithium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.0093, 0.9794, 0.9796, 0.9649
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月16日 / 詳細: cylindrical glass mirror with Pt and Pd coatings
放射モノクロメーター: Si (111) double-crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.00931
20.97941
30.97961
40.96491
反射解像度: 2→26 Å / Num. all: 18965 / Num. obs: 18965 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 44.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1173 / % possible all: 92.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. obs: 21164 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.034
反射 シェル
*PLUS
Mean I/σ(I) obs: 5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.223 ---
all0.223 18703 --
obs0.223 18703 100 %-
Rfree---NA
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.69 Å20 Å2-0.43 Å2
2--1.04 Å20 Å2
3---1.29 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.268 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2498 0 0 166 2664
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0212543
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8161.9593447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4985316
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021922
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2980.21300
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2410.2172
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3680.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2810.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.72541572
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.20682538
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it14.7378971
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it14.8128909
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rwork0.278 1327
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 3 % / Rfactor Rfree: 0.232 / Rfactor Rwork: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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