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- PDB-2a5f: Cholera toxin A1 subunit bound to its substrate, NAD+, and its hu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a5f
タイトルCholera toxin A1 subunit bound to its substrate, NAD+, and its human protein activator, ARF6
要素
  • ADP-ribosylation factor 6
  • Cholera enterotoxin, A chain
キーワードPROTEIN TRANSPORT/TRANSFERASE / PROTEIN TRANSPORT-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


erythrocyte apoptotic process / maintenance of postsynaptic density structure / protein localization to cleavage furrow / positive regulation of mitotic cytokinetic process / negative regulation of dendrite development / establishment of epithelial cell polarity / regulation of dendritic spine development / regulation of Rac protein signal transduction / protein localization to endosome / negative regulation of protein localization to cell surface ...erythrocyte apoptotic process / maintenance of postsynaptic density structure / protein localization to cleavage furrow / positive regulation of mitotic cytokinetic process / negative regulation of dendrite development / establishment of epithelial cell polarity / regulation of dendritic spine development / regulation of Rac protein signal transduction / protein localization to endosome / negative regulation of protein localization to cell surface / galactose binding / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / ruffle assembly / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / regulation of filopodium assembly / endocytic recycling / MET receptor recycling / thioesterase binding / Flemming body / filopodium membrane / protein localization to cell surface / TBC/RABGAPs / cortical actin cytoskeleton organization / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of actin filament polymerization / hepatocyte apoptotic process / glycosyltransferase activity / cleavage furrow / synaptic vesicle endocytosis / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / endocytic vesicle / regulation of presynapse assembly / catalytic complex / vesicle-mediated transport / ruffle / signaling adaptor activity / nucleotidyltransferase activity / liver development / small monomeric GTPase / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein secretion / positive regulation of protein localization to plasma membrane / intracellular protein transport / cellular response to nerve growth factor stimulus / positive regulation of neuron projection development / recycling endosome membrane / GDP binding / nervous system development / presynapse / Clathrin-mediated endocytosis / G protein activity / toxin activity / midbody / cell cortex / early endosome membrane / cell differentiation / periplasmic space / postsynapse / endosome / cell adhesion / cell division / focal adhesion / GTPase activity / lipid binding / GTP binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, A chain / Heat-labile enterotoxin alpha chain / ADP-ribosylation factor 6 / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / Small GTPase superfamily, ARF type / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family ...Heat-labile enterotoxin, A chain / Heat-labile enterotoxin alpha chain / ADP-ribosylation factor 6 / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / Small GTPase superfamily, ARF type / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Cholera enterotoxin subunit A / ADP-ribosylation factor 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 同系置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者O'Neal, C.J. / Jobling, M.G. / Holmes, R.K. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Structural basis for the activation of cholera toxin by human ARF6-GTP.
著者: O'Neal, C.J. / Jobling, M.G. / Holmes, R.K. / Hol, W.G.
履歴
登録2005年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32016年11月30日Group: Other
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylation factor 6
B: Cholera enterotoxin, A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1477
ポリマ－41,8212
非ポリマー1,3265
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area15650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.905, 90.925, 98.001
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is the heterodimer present in the asymmetric unit.

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ADP-ribosylation factor 6


分子量: 20110.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARF6 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62330
#2: タンパク質 Cholera enterotoxin, A chain / NAD(+)--diphthamide ADP-ribosyltransferase / Cholera enterotoxin A subunit


分子量: 21710.779 Da / 分子数: 1 / Fragment: Cholera toxin A1 subunit / Mutation: E110D, E112D, C187S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: ctxA, toxA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P01555, NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase

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非ポリマー , 6種, 174分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG2000mme, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 0.97943 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月8日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97943 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→50 Å / Num. all: 25861 / Num. obs: 25861 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5
反射 シェル解像度: 2.02→2.09 Å / % possible all: 81.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 同系置換
開始モデル: CTA1:ARF6-GTP

解像度: 2.02→43.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 4.622 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23075 1329 5.1 %RANDOM
Rwork0.18114 ---
all0.233 24930 --
obs0.18369 24930 96.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.241 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→43.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2740 0 84 169 2993
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0212901
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5611.9753963
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77335774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5465345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.04123.214140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.16815427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1621522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02609
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.3575
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2060.32530
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.51404
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.51577
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2170.5269
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0750.51
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0820.52
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1220.35
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2970.349
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2410.515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.43821718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2852711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.42132760
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.39921250
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.16931203
LS精密化 シェル解像度: 2.018→2.071 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 59 -
Rwork0.259 1354 -
obs--71.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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