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万見
- PDB-1nhw: Crystal Structure Analysis of Plasmodium falciparum enoyl-acyl-ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nhw
タイトルCrystal Structure Analysis of Plasmodium falciparum enoyl-acyl-carrier-protein reductase
要素(enoyl-acyl carrier reductase) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / short chain dehydrogenase reductase / nadh
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl acyl carrier protein reductase / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 2-(2,4-DICHLORO-PHENYLAMINO)-PHENOL / Enoyl-ACP reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Perozzo, R. / Kuo, M. / Sidhu, A.S. / Valiyaveettil, J.T. / Bittman, R. / Jacobs Jr., W.R. / Fidock, D.A. / Sacchettini, J.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structural Elucidation of the Specificity of the Antibacterial Agent Triclosan for Malarial Enoyl Acyl Carrier Protein Reductase Year
著者: Perozzo, R. / Kuo, M. / Sidhu, A.S. / Valiyaveettil, J.T. / Bittman, R. / Jacobs Jr., W.R. / Fidock, D.A. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2002年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: enoyl-acyl carrier reductase
B: enoyl-acyl carrier reductase
C: enoyl-acyl carrier reductase
D: enoyl-acyl carrier reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9848
ポリマ－65,1484
非ポリマー1,8354
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13290 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area24800 Å2
手法PISA
2
A: enoyl-acyl carrier reductase
B: enoyl-acyl carrier reductase
C: enoyl-acyl carrier reductase
D: enoyl-acyl carrier reductase
ヘテロ分子

A: enoyl-acyl carrier reductase
B: enoyl-acyl carrier reductase
C: enoyl-acyl carrier reductase
D: enoyl-acyl carrier reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,96716
ポリマ－130,2978
非ポリマー3,6708
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area37130 Å2
ΔGint-237 kcal/mol
Surface area39070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.365, 133.365, 83.862
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 enoyl-acyl carrier reductase / enoyl-ACP-reductase


分子量: 25744.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
解説: PET28A; / プラスミド: Plasmid / 発現宿主: Bacteria (unknown) / Variant (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus-RIL
参照: UniProt: Q9BH77, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: タンパク質 enoyl-acyl carrier reductase / enoyl-ACP-reductase


分子量: 6829.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
解説: pET28a / プラスミド: Plasmid / 発現宿主: Bacteria (unknown) / Variant (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus-RIL
参照: UniProt: Q9BH77, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-TCC / 2-(2,4-DICHLORO-PHENYLAMINO)-PHENOL / 2-(2,4-ジクロロアニリノ)フェノ-ル


分子量: 254.112 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9Cl2NO

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.01 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 2.35 M (NH4)2SO4, 100 mM sodium acetate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 282K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris-HCl1droppH7.5
2150 mM1dropNaCl
320 mg/mlprotein1drop
44 mMNAD+1drop
51 mMtriclosan1drop
62.35 Mammonium sulfate1reservoir
7100 mMMES1reservoirpH5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. all: 28833 / Num. obs: 28833 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
Num. obs: 32021 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.099

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.232 2883 RANDOM
Rwork0.187 --
all-28833 -
obs-28833 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4578 0 120 0 4698
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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