+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nhc | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structural insights into the processivity of endopolygalacturonase I from Aspergillus niger | |||||||||
要素 | Polygalacturonase I | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / beta-helix | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endo-polygalacturonase / polygalacturonase activity / cell wall organization / carbohydrate metabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Aspergillus niger (黒麹菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | |||||||||
データ登録者 | van Pouderoyen, G. / Snijder, H.J. / Benen, J.A. / Dijkstra, B.W. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2003 タイトル: Structural insights into the processivity of endopolygalacturonase I from Aspergillus niger. 著者: van Pouderoyen, G. / Snijder, H.J. / Benen, J.A. / Dijkstra, B.W. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nhc.cif.gz | 408.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1nhc.ent.gz | 331.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nhc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/1nhc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/1nhc | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1czfS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
5 |
| ||||||||
6 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 34891.512 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 発現宿主: Aspergillus niger (黒麹菌) / 参照: UniProt: P26213, endo-polygalacturonase |
---|
-糖 , 5種, 17分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
---|---|---|---|
#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
#4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
#5: 糖 | ChemComp-MAN / #8: 糖 | |
-非ポリマー , 3種, 1374分子
#6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 化合物 | ChemComp-GOL / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, nikkel sulfate, sodium citrate, pH 3.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月29日 / 詳細: diamond crystal, Ge crystal and toroidal mirror |
放射 | モノクロメーター: diamond crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→37 Å / Num. all: 210531 / Num. obs: 205268 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.384 / % possible all: 95.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 430145 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.6 % |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CZF 解像度: 1.7→35.81 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25 Å2
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→35.81 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å /
| |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 37 Å | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|