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万見
- PDB-1ngx: Chimeric Germline Fab 7g12 with jeffamine fragment bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ngx
タイトルChimeric Germline Fab 7g12 with jeffamine fragment bound
要素
  • Germline Metal Chelatase Catalytic Antibody, Heavy chain
  • Germline Metal Chelatase Catalytic Antibody, Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / immunoglobulin / antigen binding fragment (Fab)
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-JEF
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Yin, J. / Andryski, S.E. / Beuscher, A.B. / Stevens, R.C. / Schultz, P.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Structural evidence for substrate strain in antibody catalysis
著者: Yin, J. / Andryski, S.E. / Beuscher, A.B. / Stevens, R.C. / Schultz, P.G.
履歴
登録2002年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE The gene sequences are derived from a mouse hybridoma. The sequences of the protein chains ...SEQUENCE The gene sequences are derived from a mouse hybridoma. The sequences of the protein chains are not found in any sequence databases.
Remark 600HETEROGEN THE JEF RESIDUE PRESENT IN THE COORDINATES IS ONLY A FRAGMENT OF THE LARGER JEFFAMINE ...HETEROGEN THE JEF RESIDUE PRESENT IN THE COORDINATES IS ONLY A FRAGMENT OF THE LARGER JEFFAMINE POLYMER. IT DOES NOT CONTAIN ATOMS FROM EITHER TERMINI OF THIS POLYMER.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Germline Metal Chelatase Catalytic Antibody, Light chain
B: Germline Metal Chelatase Catalytic Antibody, Heavy chain
L: Germline Metal Chelatase Catalytic Antibody, Light chain
H: Germline Metal Chelatase Catalytic Antibody, Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0836
ポリマ－92,8884
非ポリマー1,1962
水12,106672
1
A: Germline Metal Chelatase Catalytic Antibody, Light chain
B: Germline Metal Chelatase Catalytic Antibody, Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0423
ポリマ－46,4442
非ポリマー5981
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19490 Å2
手法PISA
2
L: Germline Metal Chelatase Catalytic Antibody, Light chain
H: Germline Metal Chelatase Catalytic Antibody, Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0423
ポリマ－46,4442
非ポリマー5981
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.666, 64.723, 93.382
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Germline Metal Chelatase Catalytic Antibody, Light chain


分子量: 23391.951 Da / 分子数: 2 / 断片: germline Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: , / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Germline Metal Chelatase Catalytic Antibody, Heavy chain


分子量: 23051.930 Da / 分子数: 2 / 断片: germline Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: , / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-JEF / O-(O-(2-AMINOPROPYL)-O'-(2-METHOXYETHYL)POLYPROPYLENE GLYCOL 500) / JEFFAMINE


分子量: 597.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H63NO10
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 672 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.97 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG2000MME, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→26.42 Å / Num. all: 87547 / Num. obs: 87547 / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Limit h max: 41 / Limit h min: -41 / Limit k max: 35 / Limit k min: -41 / Limit l max: 54 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 602326.14 / Observed criterion F min: 0.32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→19.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 3696 5 %random
Rwork0.225 ---
all-78130 --
obs-73191 93.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 32.8053 Å2 / ksol: 0.327777 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 77.66 Å2 / Biso mean: 22.1 Å2 / Biso min: 5.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.68 Å20 Å21.95 Å2
2--2.21 Å20 Å2
3---0.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.06 Å
Luzzati d res high-1.8
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6528 0 56 672 7256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg27
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.8
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.8-1.880.29942750.26781290.0149707855688.1
1.88-1.980.2694615.30.22882500.0139714871189.7
1.98-2.10.2464274.80.21684010.0129751882890.5
2.1-2.270.25744650.21785270.0129760897391.9
2.27-2.490.25145650.23187440.0129751920094.3
2.49-2.860.2544815.10.24189850.0129775946696.8
2.86-3.590.2594905.10.23491140.0129825960497.8
3.59-19.870.2295085.20.20693450.019948985399
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4eth.pareth.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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