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- PDB-1ngw: Chimeric Affinity Matured Fab 7g12 complexed with mesoporphyrin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ngw
タイトルChimeric Affinity Matured Fab 7g12 complexed with mesoporphyrin
要素
  • Mature Metal Chelatase Catalytic Antibody, Heavy chain
  • Mature Metal Chelatase Catalytic Antibody, Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / immunoglobulin / antigen binding fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-METHYLMESOPORPHYRIN / Ig heavy chain V region 1-72
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Yin, J. / Andryski, S.E. / Beuscher IV, A.E. / Stevens, R.C. / Schultz, P.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Structural evidence for substrate strain in antibody catalysis
著者: Yin, J. / Andryski, S.E. / Beuscher IV, A.E. / Stevens, R.C. / Schultz, P.G.
履歴
登録2002年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE The gene sequences are derived from a mouse hybridoma. The sequences of the protein chains ...SEQUENCE The gene sequences are derived from a mouse hybridoma. The sequences of the protein chains are not found in any sequence databases.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Mature Metal Chelatase Catalytic Antibody, Light chain
H: Mature Metal Chelatase Catalytic Antibody, Heavy chain
A: Mature Metal Chelatase Catalytic Antibody, Light chain
B: Mature Metal Chelatase Catalytic Antibody, Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,2206
ポリマ－93,0584
非ポリマー1,1612
水45025
1
L: Mature Metal Chelatase Catalytic Antibody, Light chain
H: Mature Metal Chelatase Catalytic Antibody, Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1103
ポリマ－46,5292
非ポリマー5811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19100 Å2
手法PISA
2
A: Mature Metal Chelatase Catalytic Antibody, Light chain
B: Mature Metal Chelatase Catalytic Antibody, Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1103
ポリマ－46,5292
非ポリマー5811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.721, 134.215, 72.951
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: 抗体 Mature Metal Chelatase Catalytic Antibody, Light chain


分子量: 23432.014 Da / 分子数: 2 / 断片: germline Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: , / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Mature Metal Chelatase Catalytic Antibody, Heavy chain


分子量: 23097.074 Da / 分子数: 2 / 断片: germline Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: , / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06328
#3: 化合物 ChemComp-MMP / N-METHYLMESOPORPHYRIN / 3,8,13,17,23-ペンタメチル-7,12-ジエチル-21H,23H-ポルフィリン-2,18-ジプロパン酸


分子量: 580.716 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H40N4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG2000MME, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / pH: 6.6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
127 %PEG2000 MME1drop
2250 mMammonium sulfate1drop
30.5 mMMP1drop
410 mMHEPES1droppH6.6
527 %PEG2000MME1reservoir
6200 mMammonium sulfate1reservoir
7100 mMTris1reservoirpH8.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20.15 Å / Num. all: 38586 / Num. obs: 38586 / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Limit h max: 41 / Limit h min: 0 / Limit k max: 55 / Limit k min: 0 / Limit l max: 30 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 360138.7 / Observed criterion F min: 0.32
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 28954 / % possible obs: 98.7 % / Num. measured all: 140870 / Rmerge(I) obs: 0.108
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.7 % / Rmerge(I) obs: 0.672 / Mean I/σ(I) obs: 4.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.6→19.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.318 1379 5 %random
Rwork0.275 ---
all-31071 --
obs-27646 89 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 27.1555 Å2 / ksol: 0.272359 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 150.07 Å2 / Biso mean: 59.31 Å2 / Biso min: 4.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.53 Å20 Å20 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3---9.16 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.65 Å0.52 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.21 Å0.68 Å
Luzzati d res high-2.6
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6536 0 84 25 6645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg26.5
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.89
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.6-2.720.6611234.90.624020.063842252565.7
2.72-2.860.4751745.50.46130160.0363824319083.4
2.86-3.040.4011544.50.34732780.0323856343289
3.04-3.270.3791794.90.28934460.0283837362594.5
3.27-3.60.3721835.20.32233130.0273841349691
3.6-4.120.3791915.50.3432860.0273895347789.3
4.12-5.170.2191834.70.17236720.0163928385598.1
5.17-19.920.2721924.70.20538540.024080404699.2
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4mmp.parmmp.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.3 / Rfactor Rwork: 0.264
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.661 / Rfactor Rwork: 0.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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