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- PDB-1ngr: DEATH DOMAIN OF P75 LOW AFFINITY NEUROTROPHIN RECEPTOR, RESIDUES ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ngr
タイトルDEATH DOMAIN OF P75 LOW AFFINITY NEUROTROPHIN RECEPTOR, RESIDUES 334-418, NMR, 20 STRUCTURES
要素P75 LOW AFFINITY NEUROTROPHIN RECEPTOR
キーワードRECEPTOR / P75 / INTRACELLULAR DOMAIN / NEUROTROPHIN RECEPTOR / DEATH DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulated proteolysis of p75NTR / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / NRIF signals cell death from the nucleus / NF-kB is activated and signals survival / detection of temperature stimulus / dorsal aorta development / p75NTR recruits signalling complexes ...Regulated proteolysis of p75NTR / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / NRIF signals cell death from the nucleus / NF-kB is activated and signals survival / detection of temperature stimulus / dorsal aorta development / p75NTR recruits signalling complexes / death receptor activity / preprotein binding / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / negative regulation of hair follicle development / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of dendritic spine development / neurotrophin binding / positive regulation of myelination / nerve development / clathrin-coated endocytic vesicle / nerve growth factor binding / neurotrophin TRKA receptor binding / positive regulation of neural precursor cell proliferation / negative regulation of mitochondrial depolarization / regulation of reactive oxygen species metabolic process / hair follicle morphogenesis / positive regulation of Rho protein signal transduction / skin development / neuronal cell body membrane / odontogenesis of dentin-containing tooth / intracellular glucose homeostasis / skeletal muscle cell differentiation / Rho protein signal transduction / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / hair follicle development / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / coreceptor activity / dendrite membrane / positive regulation of neuron differentiation / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of angiogenesis / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / negative regulation of cell migration / axon guidance / central nervous system development / intracellular protein transport / positive regulation of apoptotic signaling pathway / circadian regulation of gene expression / neuromuscular junction / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of neuron projection development / small GTPase binding / positive regulation of protein localization to nucleus / circadian rhythm / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of fibroblast proliferation / cell-cell junction / negative regulation of neuron projection development / nuclear envelope / glucose homeostasis / presynaptic membrane / amyloid-beta binding / cellular response to oxidative stress / growth cone / fibroblast proliferation / regulation of gene expression / spermatogenesis / perikaryon / neuron apoptotic process / response to ethanol / negative regulation of neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / positive regulation of MAPK cascade / dendritic spine / postsynaptic density / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / calmodulin binding / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / cell surface / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 16 / Tumor necrosis factor receptor 16, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor member 16, transmembrane domain / : / Tumor necrosis factor receptor member 16 trans-membrane domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. ...Tumour necrosis factor receptor 16 / Tumor necrosis factor receptor 16, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor member 16, transmembrane domain / : / Tumor necrosis factor receptor member 16 trans-membrane domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / VARIABLE TARGET FUNCTION (DIANA) APPROACH
データ登録者Otting, G. / Liepinsh, E.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1997
タイトル: NMR structure of the death domain of the p75 neurotrophin receptor.
著者: Liepinsh, E. / Ilag, L.L. / Otting, G. / Ibanez, C.F.
履歴
登録1997年1月28日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P75 LOW AFFINITY NEUROTROPHIN RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4301
ポリマ－9,4301
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50LOWEST TARGET FUNCTION AFTER DIANA
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 P75 LOW AFFINITY NEUROTROPHIN RECEPTOR


分子量: 9429.558 Da / 分子数: 1 / 断片: DEATH DOMAIN, RESIDUES 281 - 425 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Cell: NERVE CELLS / 細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PQE31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15-(PREP4) / 参照: UniProt: P07174

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY
131TOCSY
1413D NOESY-15N-HSQC
1513D TOCSY-HSQC
1613D HNHA
NMR実験の詳細Text: DISTANCE CONSTRAINTS FROM 3D NOESY-15N-HSQC AND 2D NOESY, COUPLING CONSTANTS FROM 3D HNHA-EXPERIMENT, 2QF-COSY, AND 15N-HSQC. A 15N-LABELED SAMPLE OF P75ICD WAS USED. CONSTRAINTS USED: 914 ...Text: DISTANCE CONSTRAINTS FROM 3D NOESY-15N-HSQC AND 2D NOESY, COUPLING CONSTANTS FROM 3D HNHA-EXPERIMENT, 2QF-COSY, AND 15N-HSQC. A 15N-LABELED SAMPLE OF P75ICD WAS USED. CONSTRAINTS USED: 914 UPPER DISTANCE LIMITS FROM NOE DATA 154 COUPLING CONSTANTS CONSTRAINING DIHEDRAL ANGLES IONIC_STRENGTH: NO SALT ADDED PRESSURE: 1 ATM SOLVENT SYSTEM: 90% H2O/10% D2O

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試料調製

試料状態pH: 7 / 温度: 301 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMX800BrukerDMX8008001
Bruker DMX600BrukerDMX6006002

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解析

NMR software
名称開発者分類
OPALLUGINBUHL精密化
EASY構造決定
HABAS構造決定
DIANA構造決定
OPAL構造決定
精密化手法: VARIABLE TARGET FUNCTION (DIANA) APPROACH / ソフトェア番号: 1
詳細: DIANA MINIMIZATION TO TARGET FUNCTION LESS THAN 1, RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION USING OPAL
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST TARGET FUNCTION AFTER DIANA
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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